Useimmat klaritromysiinin sivuvaikutukset ovat suhteellisen lieviä eivätkä aiheuta merkittäviä terveysriskejä, vaikka tämän antibiootin käytön yhteydessä voi esiintyä vakavia tai mahdollisesti kuolemaan johtavia komplikaatioita. Joitakin yleisimpiä klaritromysiinin sivuvaikutuksia ovat ruoansulatuskanavan häiriöt, päänsärky ja epänormaali maku suussa. Muita oireita voivat olla huimaus, korvien soiminen ja hampaiden ja kielen värimuutokset. Vakavia sivuvaikutuksia, joista on ilmoitettava heti lääkärille, ovat voimakas vatsakipu, rintakipu ja hengitysvaikeudet. Muut klaritromysiinin sivuvaikutukset ovat mahdollisia, joten lääkärin on arvioitava kaikki uudet tai kiusalliset oireet, jotka kehittyvät tämän lääkityksen aloittamisen jälkeen varmistaakseen, että vakavia terveysuhkia ei ole.
Ruoansulatusongelmat, kuten pahoinvointi, oksentelu ja ripuli, ovat yleisimmin raportoituja klaritromysiinin sivuvaikutuksia. Nämä oireet ovat tyypillisesti lieviä ja niitä voidaan lievittää ottamalla antibiootti ruoan tai maidon kanssa. Joissakin tapauksissa voidaan määrätä muita lääkkeitä pahoinvoinnin estämiseksi, varsinkin jos ruokahalu vähenee merkittävästi. Vaikea vatsakipu tai veren ilmestyminen ulosteeseen tai oksenteluun voi merkitä ruoansulatuskanavan vaurioitumista, ja sitä tulee käsitellä hätätilanteessa.
Päänsärky, huimaus ja epänormaali maku suussa ovat tavallisia klaritromysiinin sivuvaikutuksia. Useimmat päänsäryt ovat suhteellisen vähäisiä ja niitä voidaan hoitaa onnistuneesti käsikauppalääkkeillä, vaikka lääkärin on arvioitava äkillinen tai voimakas päänsärky. Varovaisuutta on noudatettava ajettaessa tai suoritettaessa toimintoja, jotka vaativat tasapainoa tai koordinaatiota, jos huimaus ilmenee tämän lääkkeen käytön aikana. Vaikka epämiellyttävä maku suussa esiintyy usein, se ei yleensä aiheuta terveysongelmia ja yleensä häviää antibiootin lopettamisen jälkeen.
Tämän lääkkeen seurauksena voi soida korvissa ja värjäytyä hampaissa tai kielessä. Rutiininomainen hampaiden puhdistus voi yleensä palauttaa hampaiden normaalit värit. Allergisia reaktioita kehittyy joskus klaritromysiiniä käytettäessä, ja niitä voi esiintyä, vaikka lääkitystä on käytetty aiemmin menestyksekkäästi. Rintakipu, hengitysvaikeudet ja kurkun tai kielen turvotus ovat yleisiä oireita mahdollisesti kuolemaan johtavasta allergisesta reaktiosta, joka tunnetaan nimellä anafylaksia. Hoitajan tulee soittaa hätäkeskukseen saadakseen apua potilaan kuljettamiseen lähimpään sairaalaan, jos allergisen reaktion oireita esiintyy, jotta asianmukaiset hengenpelastustoimenpiteet voidaan aloittaa mahdollisimman nopeasti.