Klorokiini on reseptilääke, joka on suunniteltu estämään malariainfektio ja hoitamaan olemassa olevia tapauksia. Se on osoittautunut erittäin tehokkaaksi malarialääkkeeksi, mutta sivuvaikutusten riski on suhteellisen korkea verrattuna vastaaviin lääkkeisiin. Potilas voi kokea klorokiinin sivuvaikutuksia, kuten pahoinvointia, kouristelua ja oksentelua muutaman tunnin kuluessa lääkkeen aloittamisesta. Vakavat haittavaikutukset, joihin voi liittyä näön menetys, hengitysteiden supistuminen ja pyörtyminen, ovat harvinaisempia, mutta niistä voi tulla hengenvaarallisia ilman nopeaa lääkärinhoitoa.
Lääkärit eivät ole täysin varmoja siitä, miten klorokiini toimii kehossa, minkä vuoksi on vaikea ennustaa esiintyvien sivuvaikutusten todennäköisyyttä ja tyyppiä. Yleisimmät klorokiinin sivuvaikutukset, jotka raportoivat potilaat, jotka käyttävät lääkettä malarian estämiseksi, ovat vatsavaivat, vatsakrampit, ripuli, pahoinvointi ja oksentelu. Jotkut ihmiset kokevat päänsärkyä, huimausta ja univaikeuksia. Voi myös kehittyä lievästi kutiava ihottuma, joka muistuttaa psoriaasia.
Kun klorokiinia käytetään aktiivisen malariainfektion hoitoon, potilaalla saattaa esiintyä ruoansulatuskanavan sivuvaikutuksia. Lisäksi näön muutokset ovat melko yleisiä klorokiinin sivuvaikutuksia, kun sitä käytetään aktiivisena hoitona. Ihmisellä voi olla vähitellen himmeä näkö tai hän voi nähdä spontaaneja kirkkaan keltaisia ja punaisia välähdyksiä. Silmistä voi tulla erittäin herkkiä auringonvalolle ja niillä on vaikeuksia keskittyä lähellä oleviin kohteisiin. Harvoin esiintyy täydellistä näköhäviötä, joka voi olla palautuva tai ei. Näköongelmiin voi liittyä kuulon heikkeneminen, huimaus ja kasvojen kouristukset.
Allergiset reaktiot klorokiinille ovat harvinaisia, mutta komplikaatiot voivat olla vakavia. Muutaman tunnin ja joskus minuuttien kuluttua annoksen ottamisesta allerginen henkilö voi kokea laajan ihottuman, joka aiheuttaa kivuliaita, polttavia, kutiavia nokkosihottumia. Hengitystiet voivat supistua siihen pisteeseen, että hengittämisestä ja nielemisestä tulee erittäin vaikeaa. Jos aivot kärsivät, voi esiintyä sekavuutta, lihaskouristuksia ja kohtauksia.
Potilaan, joka kokee lieviä klorokiinihaittavaikutuksia, tulee jatkaa lääkityksen ottamista ohjeiden mukaan ja varata tapaaminen lääkärin kanssa. Lääkäri voi suorittaa sarjan veri- ja kuvantamistestejä mahdollisen munuais- tai maksavaurion varalta ja harkita sitten hoitovaihtoehtoja. Useimmissa tapauksissa potilas voi yksinkertaisesti lopettaa lääkkeen ottamisen ja aloittaa samanlaisen malarialääkityksen, jotta epämiellyttävät klorokiinihaittavaikutukset saadaan loppumaan. Yliannostusta, allergista reaktiota tai vakavia näkömuutoksia esiintyessä on hakeuduttava päivystykseen, jotta lääkärit voivat antaa suonensisäisiä nesteitä ja tulehduskipulääkkeitä. Diureetteja, kuten ammoniumkloridia, voidaan antaa auttaa puhdistamaan kehon klorokiinista.