Vaikka laparoskooppinen leikkaus aiheuttaa vähemmän kudosvaurioita kuin avoin leikkaus, kuten kaikissa kirurgisissa toimenpiteissä, komplikaatioiden vaara on olemassa. Vaikka monet näistä komplikaatioista ovat vähäisiä ja helposti hoidettavissa, niitä esiintyy 1–5 prosentissa kaikista laparoskooppisista leikkauksista, ja laparoskopian komplikaatioiden kuolleisuus on noin 0.05 prosenttia. Jotkut yleisimmistä komplikaatioista johtuvat anestesian haittavaikutuksesta, johon voi kuulua hengityskomplikaatioita ja sydämen rytmihäiriöitä. Muita yleisiä laparoskopian komplikaatioita ovat infektio, keuhkokuume, keuhkoputkentulehdus, liiallinen verenvuoto ja arpikudoksen muodostuminen. Nämä komplikaatiot voivat ilmetä joko avoimen leikkauksen tai laparoskooppisen leikkauksen jälkeen, mutta ovat harvinaisempia laparoskopian jälkeen.
Laparoskooppinen leikkaus voi johtaa suoliston, vatsan elinten, laskimoiden ja valtimoiden vammoihin. Kokemattomat kirurgit voivat vahingossa puhkaista suoliston tai muut ruoansulatuskanavan osat pitkillä, terävillä kirurgisilla välineillä, joita he käyttävät. Vaikka nämä vammat ovat harvinaisia, ne voivat johtaa mahdollisesti vaaralliseen tilaan, nimeltään peritoniitti, joka on vatsakalvon tulehdus. Joissakin tapauksissa lisätoimenpide suuremmalla viillolla on tarpeen vaurioituneen kudoksen korjaamiseksi tai verenvuodon pysäyttämiseksi.
Potilaat voivat myös kärsiä havaitsemattomista sähköisistä palovammoista, jotka johtuvat elektrodeista, jotka siirtävät virran ympäröivään kudokseen. Nämä palovammat voivat johtaa peritoniittiin. Aktiivinen elektrodien valvonta eliminoi tahattomien sisäisten palovammojen riskin.
Potilailla, joilla on veren hyytymishäiriöitä tai aikaisemman leikkauksen seurauksena arpikudosta, on suurempi riski laparoskopian komplikaatioille. Potilailla, joiden painoindeksit ovat alle keskimääräisen, on myös suurempi riski. Heidän kirurginsa voivat päättää suorittaa avoimen leikkauksen näiden tekijöiden vuoksi.
Hiilidioksidikaasu, jota käytetään vatsaontelon täyttämiseen leikkauksen aikana, voi myös aiheuttaa laparoskopian komplikaatioita. Kylmä, kuiva kaasu voi aiheuttaa hypotermiaa ja vatsakalvon vammoja. Tätä riskiä pienennetään kostuttamalla ja lämmittämällä hiilidioksidikaasua.
Potilaat, joilla on hengitysvaikeuksia, eivät ehkä siedä vatsaontelon laajentumista hiilidioksidilla, mikä edellyttää sen sijaan avointa leikkausta. Lisäkomplikaation aiheuttaa hiilidioksidikaasun jääminen vatsaonteloon leikkauksen jälkeen. Kaasutasku voi nousta vatsaan ja painaa palleaa vasten aiheuttaen kipua, kun potilas hengittää. Tämä on yleensä tilapäinen tila, joka helpottuu, kun kehon kudokset imevät ylimääräisen kaasun.
Leikkaava suolen tyrä on toinen mahdollisesti vakava laparoskopian komplikaatio, joka johtuu kirurgisten instrumenttien käyttöönotossa käytettävien yli 0.4 mm: n porttien virheellisestä sulkemisesta leikkauksen aikana. On tärkeää, että kotelo on kunnolla kiinni. Suolen tyrähdyksen oireita ovat ajoittainen pahoinvointi ja oksentelu.
Infektio on toinen yleinen laparoskopian komplikaatio. Infektion tapauksessa annetaan yleensä antibiootti. Laparoskopian komplikaatioiden välttämiseksi jotkut kirurgit määräävät antibiootteja ennen leikkausta, kun infektioriski on kohonnut potilaan riittämättömän immuunivasteen vuoksi.