Joitakin yleisimmin raportoituja metyylikobalamiinin sivuvaikutuksia ovat kutina, ihottuma tai ripuli. Päänsärkyä, kuumetta tai oksentelua voi esiintyä myös tämän lisäaineen käytön aikana. Suurin osa metyylikobalamiinin haittavaikutuksista on lieviä, mutta lääkärin tulee kuulla, jos oireet ovat pysyviä tai tulevat erityisen kiusallisiksi. Sivuvaikutuksia, jotka vaativat välitöntä lääketieteellistä apua, ovat kipu alaselässä tai sivussa, hengitysvaikeudet tai kasvojen turvotus. Kaikki yksilölliset kysymykset tai huolet metyylikobalamiinin mahdollisista sivuvaikutuksista tulee keskustella lääkärin tai muun lääketieteen ammattilaisen kanssa.
Metyylikobalamiinia, jota yleisemmin kutsutaan B-12-vitamiiniksi, esiintyy luonnollisesti elintarvikkeissa, kuten lihassa, maitotuotteissa ja äyriäisissä. Tätä vitamiinia voidaan ottaa myös ravintolisänä ja se on turvallista useimmille ihmisille niin kauan kuin suositeltua päivittäistä määrää ei ylitetä. Joissakin tapauksissa henkilö voi kokea metyylikobalamiinin sivuvaikutuksia. Useimmat näistä haittavaikutuksista ovat lieviä, mutta lääkärin arviointia suositellaan, koska osa mahdollisista sivuvaikutuksista voi olla hengenvaarallisia.
Vatsan turvotus, oksentelu tai ripuli ovat yleisiä metyylikobalamiinin sivuvaikutuksia. Vaikka nämä oireet voivat ilmetä normaaleilla annoksilla, ne ovat yleisempiä, kun B-12-vitamiinia on kulutettu liikaa. Päänsärky tai heikko kuume voivat myös olla metyylikobalamiinin käytön sivuvaikutus. Ihottuma, joka voi tai ei kutita, on toinen mahdollinen sivuvaikutus, vaikka tämä on yleisempi käytettäessä B-12-vitamiinia sisältäviä kauneudenhoitotuotteita, kuten voidetta, kuin suun kautta otettavan lisäaineen kanssa.
Anafylaksia on lääketieteellinen termi, jota käytetään kuvaamaan vakavaa ja mahdollisesti hengenvaarallista allergista reaktiota, ja se on yksi mahdollisista metyylikobalamiinin sivuvaikutuksista. Vaikka ihottuma on tämän vitamiinin yleinen sivuvaikutus, jos ihottumaa kehittyy tai ihottumaan liittyy muita oireita, sitä tulee käsitellä hätätilanteessa. Rintakireyttä tai epämukavuutta voi esiintyä sekä kasvojen, huulten tai kurkun turvotusta. Hengitys voi vaikeutua ja potilas voi hämmentyä tai menettää tajuntansa.
On tärkeää, että jokainen, jolle on määrätty lääketieteellinen toimenpide, kuten angioplastia, ilmoittaa lääkärille, onko metyylikobalamiinia otettu. Lääkäri neuvoo potilasta todennäköisesti lopettamaan tämän lisäaineen käytön mahdollisesti hengenvaarallisten sivuvaikutusten vuoksi. Metyylikobalamiinia sisältyy leikkauksen aikana käytettäviin suonensisäisiin nesteisiin, ja yliannostus voi tapahtua, jos B-12-vitamiinilisää otetaan. Tätä lääkettä ei ehkä voida ottaa leikkauksen jälkeen, koska on olemassa riski verisuonten kaventumisesta.