Yleisimmät orlistaatin sivuvaikutukset liittyvät suolistoon. Orlistaatti saa ihmisen lisäämään suolen liikkeitä ja hallitsemattomia suolen liikkeitä. Muita yleisiä orlistaatin sivuvaikutuksia ovat rasvaiset tai öljyiset ulosteet, löysät ulosteet ja öljyinen tahra alusvaatteissa. Lisäksi henkilö voi kärsiä myös vatsakivusta ja peräsuolen kipusta. Nämä yleiset haittavaikutukset ovat itse asiassa normaaleja reaktioita orlistaatille ja ovat merkkejä siitä, että lääkitys toimii oikein.
Vakavia orlistaatin sivuvaikutuksia saattaa esiintyä, ja jos niitä ilmenee, ne vaativat välitöntä lääkärin huomiota. Esimerkkejä vakavista sivuvaikutuksista ovat vaikea allerginen reaktio, ripuli ja ruokahaluttomuus, pahoinvoinnin, äärimmäisen väsymyksen ja oksentelun lisäksi. Allergisen reaktion aiheuttamia oireita ovat hengitysvaikeudet, nokkosihottuma ja kasvojen ja kurkun alueiden turvotus. Maksan vajaatoiminta ja haimatulehdus ovat kaksi sairautta, jotka voivat ilmetä orlistaatin seurauksena. Näiden sairauksien merkit voivat olla päällekkäisiä joidenkin orlistaatin sivuvaikutusten kanssa, kuten ruokahaluttomuus maksan vajaatoiminnasta ja pahoinvointi tai oksentelu haimatulehduksen vuoksi. Muita maksan vajaatoiminnan oireita ovat tumma virtsa, vaaleat ulosteet ja keltaisuus, kun taas muita haimatulehduksen merkkejä ovat nopea syke ja ylävatsakipu.
Orlistaatti itsessään on lipaasi -inhibiittori, joka toimii estämällä rasvan imeytymistä elimistöön. Koska keho ei ime niin paljon rasvaa kuin normaalisti, rasva poistuu kehosta jätteiden kautta, löysää ulosteita ja tekee niistä öljyisiä. Siten se vähentää suolen liikkeitä vähemmän ennustettavissa. Joillekin ihmisille orlistaatin sivuvaikutukset häviävät muutaman viikon hoidon jälkeen, vaikka toisille haittavaikutuksia ilmenee niin kauan kuin he käyttävät lääkitystä. Yleensä mitä enemmän rasvaisia elintarvikkeita sisältää, sitä enemmän sivuvaikutuksia ilmenee, joten orlistaattia käyttävän henkilön ei pitäisi nauttia liian rasvaisista elintarvikkeista.
Orlistaatin tarkoitus on auttaa painonpudotuksessa. Saatavana sekä reseptillä että ilman reseptiä, orlistaattia käytetään yhdessä vähäkalorisen ja vähärasvaisen ruokavalion sekä liikunnan kanssa. Ei-reseptilomake sisältää pienemmän annoksen kuin reseptilomake, joten se aiheuttaa vähemmän sivuvaikutuksia. Ilman reseptiä saatava orlistaatti ei ole tarkoitettu alle 18-vuotiaille, kun taas reseptilääke ei ole tarkoitettu 12–18-vuotiaille.