Useimmat ihmiset voivat syödä papaijaa ilman ongelmia, vaikka tämän hedelmän kulutukseen tai käyttöön liittyy joitain mahdollisia sivuvaikutuksia. Jotkut mahdollisista papaijan sivuvaikutuksista sisältävät ihon ärsytystä, hengitysvaikeuksia tai ruoansulatuskanavan häiriöitä. Niitä, jotka ovat allergisia lateksia sisältäville tuotteille, kehotetaan yleensä välttämään papaijan käyttöä, samoin kuin raskaana oleville tai imettäville naisille. Yksi papaijan syömisen vakavimmista sivuvaikutuksista on mahdollisesti hengenvaarallinen allerginen reaktio, joka tunnetaan nimellä anafylaksia. Mahdollisista erityiskysymyksistä tai huolenaiheista sivuvaikutuksista yksittäisessä tilanteessa tulee keskustella lääkärin tai muun lääketieteen ammattilaisen kanssa.
Ihon ärsytys on yksi yleisimmin raportoiduista papaijan sivuvaikutuksista. Kutinaa, turvotusta ja ihottumaa muistuttavaa ihottumaa voi esiintyä suorassa kosketuksessa papaijan tai tätä hedelmää sisältävien tuotteiden kanssa. Kirkas punainen ihottuma voi esiintyä myös suun ympärillä papaijan syömisen jälkeen.
Hengitysongelmat voivat kehittyä papaijan sivuvaikutuksina niille, jotka ovat herkkiä tämän hedelmän osille. Nenän allergiaoireet, kuten vetiset silmät, aivastelu ja yskä, ovat yleisimpiä hengitysoireita. Potilaat, joilla on aiemmin ollut astma tai keuhkoputkentulehdus, voivat huomata oireiden pahenemisen, kun ne ovat joutuneet kosketuksiin papaijan kanssa.
Keskivaikeat tai vakavat ruoansulatuskanavan häiriöt ovat papaijan syömisen mahdollisia sivuvaikutuksia. Näitä oireita voivat olla pahoinvointi, ripuli tai närästys. Vakavammissa tapauksissa ruokatorven, mahalaukun tai suoliston vaurioita voi esiintyä niillä, jotka ovat erittäin herkkiä hedelmille, kuten papaijalle.
Henkilö, jolla on lateksiallergia, on todennäköisesti myös allerginen papaijalle ja muille hedelmille. Yleensä lääkäri antaa luettelon hedelmistä, joita tulee välttää, kun lateksiallergia todetaan. Raskaana olevia tai imettäviä naisia kehotetaan yleensä välttämään papaijaa sisältäviä tuotteita sikiölle tai imeväiselle aiheutuvien riskien vähentämiseksi.
Ehkä vakavin kaikista mahdollisista papaijan sivuvaikutuksista on allerginen reaktio, joka tunnetaan nimellä anafylaksia. Oireet, kuten rintakipu, hengitysvaikeudet tai kasvojen turvotus, osoittavat usein tämän tyyppisen allergian. Ilman välitöntä lääkärin apua anafylaksia voi aiheuttaa pysyviä aivovaurioita tai jopa kuoleman muutamassa minuutissa. Tämä johtuu yleensä kurkun voimakkaasta turvotuksesta, joka estää hapen pääsyn aivoihin ja muihin kehon elimiin.