Kaikkialla maailmassa sanitaatio -ongelmat aiheuttavat monenlaisia sairauksia ja kuolemia. Maailman terveysjärjestö raportoi, että sanitaatioon liittyvät ongelmat aiheuttavat neljä prosenttia kaikista kuolemista ja lähes kuusi prosenttia kaikista sairauksista maailmanlaajuisesti. Sanitaatio -ongelmat ovat erityisen vaikeita ihmisille, joilla on heikentynyt immuniteetti, vanhuksille ja hyvin nuorille. Sanitaatio -ongelmien ymmärtäminen on tärkeä askel niiden poistamisessa.
Käsittelemättömän jätteen johtaminen vesistöihin on yksi yleisimmistä sanitaatio -ongelmista. Tämä aiheuttaa useita ongelmia, kuten saastuttavan juomaveden, luo kasvualustan tauteja levittäville hyönteisille ja altistaa uimarit tartuntataudeille. Vesilähteiden saastuminen vaikuttaa myös epäsuorasti terveyteen altistamalla elintarvikkeet, kuten vihannekset ja kalat, saastuneessa vedessä oleville taudinaiheuttajille. Tämä ei ainoastaan saastuta elintarvikkeita, vaan myös vähentää saatavilla olevan ruoan määrää.
Saastuneet kaivot ovat toinen sanitaatio -ongelma. Alueilla, jotka tukeutuvat käsin kaivettuihin kaivoihin, kaivojen tyypillisesti matala syvyys mahdollistaa usein pohjaveden saastumisen. Ylikuormitetut elinolosuhteet ja epäasianmukainen jätteenkäsittely aiheuttavat saastunutta pohjavettä.
Juomaveden ja siivousveden puutteen lisäksi wc: n puute on valtava sanitaatio -ongelma. Ilman juoksevaa vettä ei ole mitään mahdollisuutta saada kunnollista wc: tä, mutta jopa käsin kaivetut käymälät ja kompostointikäymälät voivat poistaa joitain wc: n puutteeseen liittyviä ongelmia. Kun ei ole wc: tä, ihmisillä ei ole muuta vaihtoehtoa kuin ulostaa ulos. Tämä ei ainoastaan luo epämiellyttäviä elinolosuhteita, vaan myös alueilla, joilla on suuri väestötiheys, se saastuttaa pohjavettä.
Veden niukkuus on toinen sanitaatio -ongelma. Kun vettä ei ole paljon saatavilla, ihmisten on vaikea pestä vaatteita, kehoa ja jopa käsiä. Tämä perushygienian puute johtaa tautien leviämiseen ja luo elinolot, jotka vaikeuttavat alueen ihmisten ihmisarvon säilyttämistä.
Maailman terveysjärjestö raportoi, että 2.4 miljardilla ihmisellä ei ole pääsyä perustason sanitaatioon ja jätehuoltoon. Tämä aiheuttaa ongelmia alueella asuville ihmisille sekä eläimille ja kasveille. Ihmisjätteen kertyminen vaikuttaa negatiivisesti ympäristön tasapainoon alueella, ja sitä on vaikea ratkaista.