Jos septistä ei ole suunniteltu, käytetty tai huollettu oikein, voi ilmetä ongelmia. Yleisimpiä vesisäiliöongelmia ovat tyypillisesti tukokset, epämiellyttävät hajut ja veden saastuminen. Septisen säiliön ongelmat voivat olla erittäin epämiellyttäviä, ja joissakin tapauksissa niiden korjaaminen on erittäin kallista. Näiden ongelmien syiden ymmärtäminen voi olla välttämätöntä septisen säiliön asianmukaisen hoidon ja huollon varmistamiseksi.
Liiallinen käyttö on suuri syy septisen vesisäiliön ongelmiin, kuten ei pumppaaminen säiliöön tarvittaessa, koska tämä edistää kiinteiden aineiden kertymistä. Jokainen septinen säiliö tarvitsee myös kattoaukot, jotka varmistavat, että järjestelmän sisällä oleva paine pysyy tasaisena. Jos nämä tuuletusaukot ovat viallisia tai tukossa, ne voivat aiheuttaa hajuja.
Liian paljon vettä septisessa säiliössä voi työntää kiintoaineita liuotuskenttään, mikä voi aiheuttaa tukkeutumisen tai vahingoittaa ympäristöä. Järjestelmän ylikuormittaminen liikaa vettä voi myös aiheuttaa järjestelmän epäonnistumisen tai sammumisen.
Toisaalta liian vähän vettä voi myös aiheuttaa ongelmia, kuten johtaa bakteerien tappamiseen järjestelmässä. Bakteereja tarvitaan septiseen säiliöön tuotettavan typen neutraloimiseen. Jos järjestelmässä on liikaa typpeä, se voi johtaa juomaveden saastumiseen.
Väärien esineiden hävittäminen septiseen säiliöön on jälleen yksi syyllinen, joka on vastuussa septisen säiliön ongelmista. Vain biohajoavia esineitä tulee huuhdella wc: stä tai viemäriin. Biologisesti hajoamattomat esineet tukkivat putket ja aiheuttavat jätteen vuotamista maaperään. Muovit ovat erityisen vaikeita, ellei mahdotonta, septisen järjestelmän hajoamiseen.
Öljyn laittaminen septisiin säiliöihin aiheuttaa myös ongelmia. Öljyllä ei ole aikaa hajota, ja se tukkii ylemmän kammion ja tuloventtiilit. Tuloksena on epämiellyttäviä hajuja ja vaikeuksia tyhjentää septisäiliö, kun aika tulee. Liiallinen määrä ruokahiukkasia voi myös vaikuttaa septisen säiliön ongelmiin, ja sitä tulisi rajoittaa.
Kemikaalit voivat vahingoittaa järjestelmää, ja maalit, liuottimet tai torjunta -aineet voivat tehdä septisen säiliön täysin hyödyttömäksi. Ne voivat myös johtaa siihen, että järjestelmästä tulee vaara ympäristölle. Voimakas kemiallinen käyttö tai jauhemaisten puhdistusaineiden käyttö voi myös edistää typen kertymistä.
Jos järjestelmä alkaa tuottaa epämiellyttäviä hajuja, se on varma merkki siitä, että saostussäiliössä on ongelma. Tämä voi olla jotain niin yksinkertaista kuin tarve puhdistaa kattoaukot tai se voi tarkoittaa, että järjestelmä on pumpattava. Se voi myös tarkoittaa, että ylivuotojärjestelmä on viallinen.