Yleisimpiä suuveden sivuvaikutuksia ovat suun limakalvojen ärsytys ja polttava tunne suussa. Suuveden maku voi viipyä tuntikausia, jolloin ruoka maistuu metalliselta, katkeralta tai mausteiselta. Polttavan suun sivuvaikutuksen lievittämiseksi voidaan käyttää suuveden hienovaraisempia makuja. Joskus suurten suuveden nauttiminen voi aiheuttaa vakavampia sivuvaikutuksia. Näitä ovat pahoinvointi ja oksentelu, huimaus, ripuli ja huimaus.
Vaikka vahingossa pieniä määriä suuvettä ei yleensä pidetä vakavana, tarkoituksella juotava suuvesi voi aiheuttaa vakavia sivuvaikutuksia ja jopa hengenvaarallisia. Suuveden sivuvaikutuksia voivat olla tajunnan menetys, kohtaukset ja jopa sydänpysähdys, koska tietyissä suuvedissä on runsaasti alkoholia. Nämä haittavaikutukset ovat samankaltaisia kuin ne, joita esiintyy, kun juot liikaa alkoholijuomia.
Yksi huolestuttavimmista suuveden sivuvaikutuksista on sen potentiaali lisätä nielusyövän ja suun syövän riskiä. Tämä taas johtuu tiettyjen suuveden suuresta alkoholipitoisuudesta. Vaikka lopullisen yhteyden luomiseksi voidaan tarvita lisää todisteita, alkoholittoman suuveden käyttö voi olla järkevää. Muita suuveden sivuvaikutuksia ovat suun kudosten ärsytys ja löystyminen, mikä on epämiellyttävää ja voi asettaa suun tulehdukselle tai jopa ientaudille.
Suuveden etuja ovat sen kyky vähentää suun bakteereja, jotka voivat johtaa ientauteihin ja hammastulehduksiin. Suuvesi voi myös auttaa poistamaan plakkia ja pahanhajuista hengitystä. Ihmiset, jotka käyttävät suuvettä tai huuhteluja, jotka sisältävät fluoridia, voivat olla vähemmän alttiita onteloille. Tietyt suuvedet voivat myös rauhoittaa kurkkukipua. Kuristaminen suuvedellä voi auttaa lievittämään infektion aiheuttamaa kurkkukipua, mutta kuristaminen liian usein alkoholipohjaisella suuvedellä voi lisätä kipua.
Hammaslääkäriä on kuultava suuveden sivuvaikutusten ilmetessä. Hän osaa arvioida suun kudosvaurioita ja keskustella suuhygieniasta alkoholittomilla suuvedillä. Jotkut hammaslääketieteen ammattilaiset eivät kuitenkaan suosittele suuveden käyttöä ollenkaan, vaan suosittelevat hyvää suuhygieniaohjelmaa, johon kuuluu hampaiden harjaus vähintään kahdesti päivässä ja hammaslanka aterioiden välillä.