On olemassa erilaisia ongelmia, jotka yleensä aiheuttavat yöjalkojen kipua. Lihaskrampit voivat johtua hormonaalisista muutoksista, ravintoaineiden puutteesta tai nestehukasta. Levottomien jalkojen oireyhtymä tai RLS voi aiheuttaa epämukavuutta tai kipua, kun henkilö lepää, joten se on usein ongelma nukkumaan mennessä. Tiettyjen sairauksien, kuten fibromyalgian, tiedetään usein aiheuttavan kipuja jaloissa yöllä. Muita mahdollisia syitä ovat diabeettinen neuropatia, verihyytymät jaloissa tai yksinkertainen jalkojen liiallinen käyttö.
Yksi yleisimmistä yöjalkojen kipujen syistä on reisien tai vasikoiden lihasten kouristukset, joita joskus kutsutaan Charley -hevosiksi. Ihmiset voivat kokea tällaisia kouristuksia eri syistä. Kuivuminen voi saada lihakset tarttumaan tai kouristukset voivat johtua kaliumin, magnesiumin tai kalsiumin puutteesta ruokavaliossa. Syynä voivat olla myös hormonien vaihtelut; raskaana olevat naiset kärsivät niistä usein, erityisesti toisella kolmanneksella, samoin kuin kuukautiset. Jalkojen kipu yöllä voi myös olla sivuvaikutus tietyntyyppisille lääkkeille.
Levottomat jalat -oireyhtymä voi myös aiheuttaa jalkakipuja yöllä. Tämä on tila, jossa potilas voi tuntea erilaisia tunteita, kuten särkyä, kouristuksia tai polttamista jaloissaan. Koska jalkojen liikuttaminen lievittää näitä tunteita, potilaat kärsivät usein eniten yöllä makuulla.
Yön jalkakipu voi myös usein johtua erilaisista sairauksista tai häiriöistä. Fibromyalgia, sairaus, jolle on ominaista krooninen kipu, jäykkyys ja paineherkkyys, voi olla syyllinen. Potilaat, joilla on Addisonin tauti, joka aiheuttaa lisämunuaisen vajaatoimintaa, ja Parkinsonin tauti, joka vaikuttaa keskushermostoon, tuntevat joskus jalkakipuja yöllä. Niveltulehdus ja Plica -oireyhtymä voivat aiheuttaa kipua polvissa ja niiden ympärillä.
Erilaiset muut ongelmat voivat myös yleisesti johtaa yökivun kipuun. Diabetespotilaat voivat kokea kipua yöllä diabeettisen neuropatian tai jalkojen hermovaurion vuoksi. Ihmisille, joilla on äskettäin ollut ongelmia, kuten sydänkohtaus tai aivohalvaus, voi kehittyä kivuliaita hyytymiä jaloissaan, jotka tunnetaan syvä laskimotukoksena. Rustojen, nivelsiteiden tai jänteiden vammat, jotka tukevat polvia, voivat olla kivuliaampia nukkumaan mennessä. Joskus jalkakipu on yksinkertaisesti seurausta liiallisesta käytöstä, kuten raskaasta liikunnasta tai seisomisesta pitkiä aikoja.