On olemassa useita ongelmia, jotka voivat johtaa taloushallinnon ongelmiin. Näitä ovat yrityksen seuraamat taloudellisen suorituskyvyn osatekijät, perusteet, joilla se kirjaa tapahtumat, ja tapa, jolla se käsittelee poistoja. Sitä vastoin matemaattiset virheet eivät todennäköisesti aiheuta suuria ongelmia kaksinkertaisen kirjanpidon sisäänrakennettujen tarkastuspisteiden ansiosta.
Yksi yksinkertaisimmista taloudellisen kirjanpidon ongelmien lähteistä on se, että kaikkia kolmea pääasiakirjatyyppiä ei käsitellä. Ensimmäinen on yksinkertainen tapahtumatietue, joka yhdistetään tuloslaskelmaan. Toinen on ennätys kassavirrasta, joka ei aina vastaa liiketoimia luottosopimusten ja maksuviivästysten vuoksi; kassavirtaennusteet ovat myös tärkeitä. Kolmas on tase, jossa luetellaan yrityksen varat ja velat ja mitataan tehokkaasti sen taloudellinen tilanne. Kaikkien näiden kolmen asiakirjan puuttuminen voi vähentää mahdollisuuksia tunnistaa ongelmia yrityksen taloudessa ja mahdollisissa ratkaisuissa.
Jotkin taloushallinnon ongelmat voivat johtua epäjohdonmukaisuuksista tilinpäätöksen laatimisperusteissa. Yksi tällainen alue on päätös siitä, kirjataanko tapahtumat maksuhetkellä vai milloin tavarat tai palvelut fyysisesti toimitetaan. Jos samaa perustetta ei käytetä kaikkiin tapahtumiin, sekaannus saattaa aiheutua. Tämä pätee erityisesti silloin, kun maksu suoritetaan yhdellä tilikaudella ja toimitus toisella tilikaudella.
Poistot ovat toinen taloudellisen kirjanpidon ongelmien lähde. Tässä kirjanpitoprosessissa otetaan huomioon se, että omaisuuserä menettää arvon ajan mittaan, esimerkiksi kuinka kauan kestää fyysinen kuluminen. Koska poistot on vahvistettava etukäteen, se on käytännössä arvio. Eri menetelmät voivat vaihdella poistoajan pituuden, poistojen nopeuden ja nopeuden sekä mahdollisen lopullisen arvon perusteella. Yrityksen, joka päättää poistomenetelmästä, on usein ratkaistava sekä lailliset kirjanpitovaatimukset että verovirkailijoiden asettamat säännöt.
Ehkä yllättäen matemaattiset virheet eivät ole merkittävä lähde taloushallinnon ongelmille. Tämä johtuu kaksinkertaisen kirjanpidon käytöstä, jossa jokainen tapahtuma kirjataan kahdesti, kerran veloituksena ja kerran luotona. Tämä koskee tapahtuman molempien osapuolten tarkastelua; esimerkiksi myymällä oleva myymälä lisää kassaa, mutta myymättömän varaston arvo laskee vastaavasti. Kaksoiskirjausjärjestelmä tarkoittaa, että hyvityssarakkeen ja veloitussarakkeen merkintöjen kokonaisarvon tulee olla sama joka ajanjakso. Tarkistamalla tämän säännöllisesti erojen varalta voit paljastaa virheet nopeasti, ennen kuin ne aiheuttavat suuria ongelmia.