Yleisimmät tomaattikasvien ongelmat ovat sairaudet, hyönteiset ja ympäristöongelmat. Tomaattien kasvattaminen tomaatin taimista terveiksi tomaattikasveiksi edellyttää ymmärrystä siitä, mitkä asiat voivat vaikuttaa vihannespuutarhaan ja miten välttää tomaattituholaisia.
Sairaudet ovat turhauttavimpia tomaattikasvien ongelmista, koska niitä ei usein hoideta. Onnistunut tomaatinviljely sisältää kasvien tarkkailun tomaattisiemenistä sadonkorjuuseen. Sienet, jotka siirtyvät maaperän läpi, kuten Fusarium ja verticillium, vahingoittavat varret ja saavat varret värjäytymään. Kun varsi vaurioituu, ravinteita ei kuljeteta kasvin yläosaan, mikä aiheuttaa kasvin kuihtumisen ja kuoleman. Hoitoa ei ole, joten on tärkeää ostaa resistenttejä lajikkeita.
Muita sairauksia, jotka voivat aiheuttaa tomaattikasviongelmia, ovat tomaatti -täplikäs ja viruksen tupakan mosaiikkivirus. Tomaatti -täplikäs närästysvirus leviää thripin kautta, ja se saa tomaattiin kehittymään syöpät ja lehdet ja varret kuolevat takaisin. Koska parannuskeinoa ei ole, tartunnan saaneet kasvit on poistettava puutarhasta ja heitettävä pois. Tupakan mosaiikkivirusta levittävät yleensä puutarhurit, jotka tupakoivat tai ovat joutuneet kosketuksiin tupakan kanssa. Ehkäisemiseksi puutarhureiden tulee pestä kätensä ennen kasvien käsittelyä.
Hyönteiset vaikuttavat myös tomaattikasvien ongelmiin joko kantamalla sairauksia tai syömällä kasveja. Sarvimatot ovat eräänlainen toukka, joka syö lehtineen. Ne ovat tyypillisesti kolmesta neljään tuumaa pitkiä ja helposti havaittavia. Niiden poistaminen tartunnan saaneesta kasvista usein riittää. Toinen lehtiä syövä hyönteistyyppi on kirppukuoriainen. Paras tapa poistaa kasvit tästä hyönteisestä on pyyhkiä lehdet saippuavedellä.
Mehuja imevät hyönteiset, kuten kirvat ja psyllidit, aiheuttavat myös tomaattikasvien ongelmia. Molemmat löytyvät lehtien alapuolelta, mikä aiheuttaa kasvien taantumisen. Jos tartunta on vakava, tomaatteja ei muodostu. Tartunnan saaneiden kasvien poistamiseksi kirvoista tai psyllideistä voidaan käyttää hyönteismyrkkyä.
Ympäristöasiat ovat yleisimpiä tomaattikasvien ongelmia ja myös helpoimpia hallita. Kukkien loppumätä, joka saa kypsyvien tomaattien pohjan mustumaan, kutistumaan ja mätää, johtuu riittämättömästä kalsiumista kehityksen aikana. Tomaattikasvin kastelu säännöllisin väliajoin ja pitkien kuivien aaltojen estäminen estävät yleensä kukkien lopun mätänemisen.
Kasvuhalkeamat ovat toinen ympäristöongelma, jota voidaan helposti hallita. Kasvuhalkeamat voivat muodostaa pyöreän kuvion tomaatin päälle tai muodostaa syviä halkeamia, jotka kulkevat pystysuoraan varresta pohjaan. Molemmat johtuvat alunperin kastelusta tai rankkasateesta, jota seuraa kastelun puute, mikä johti kasvin hidastumiseen. Tämän estämiseksi kasveja on kasteltava säännöllisesti, eikä niitä saa kastella liikaa.