Jotkut miehet raportoivat vasektomian jälkeen yleisiä ongelmia, kuten mustelmia viillon lähellä, turvotusta ja vähäistä epämukavuutta. Näitä vasektomiaongelmia on odotettavissa, ja ne kestävät yleensä vain muutaman päivän. Joissakin tapauksissa voi esiintyä vakavampia komplikaatioita, mukaan lukien leikkauksen jälkeinen infektio.
Lähes jokainen potilas kokee muutamia vasektomiaongelmia välittömästi toimenpiteen jälkeisinä päivinä tai viikkoina, kuten mustelmia ja kiveksen turvotusta sekä kipua ja epämukavuutta. On yleinen käytäntö, että lääkäri määrää näiden oireiden lievittämiseksi suun kipulääkettä ja mahdollisesti tulehduskipulääkettä. Monien potilaiden mielestä on hyödyllistä levittää alueelle jääpussi lyhyeksi ajaksi verenkierron rajoittamiseksi ja kivun lievittämiseksi. Vasektomian jälkeen potilaita kehotetaan tyypillisesti ilmoittamaan lääkärille välittömästi, jos ilmenee vakavampia vasektomiakomplikaatioita, kuten kuumetta tai kyhmyjen muodostumista.
On olemassa muita vakavampia vasektomiaongelmia, jotka voivat ilmetä leikkauksen jälkeen, kuten kuume, infektio ja siittiöiden granuloomina tunnettu tila, joka viittaa siittiöiden varmuuskopiointiin kiveksissä. Jos jokin näistä tiloista ilmenee, on tärkeää, että potilas hakee lääkäriltä neuvoa mahdollisimman nopeasti. Kuume voidaan useimmiten hoitaa kotona käsikauppalääkkeillä ja levätä, mutta jos infektio on läsnä, lääkäri haluaa tutkia alueen ja toimia sen mukaisesti. On epätavallista, että siittiöiden granuloomat aiheuttavat ongelmia, ja suurin osa kokkareista liukenee itsestään vuoden sisällä.
Muutamat tutkimukset ovat tuoneet esiin idean yhdistää vasektomia ja suurempi eturauhassyövän riski potilaille, jotka valitsevat tämän menettelyn. Useimmat lääketieteen ammattilaiset uskovat, että vasektomian ja eturauhassyövän lisääntymisen välillä ei ole yhteyttä. On suositeltavaa, että jokainen mies käy säännöllisesti lääkärin luona eturauhasen tutkimuksiin hyvän terveyden varmistamiseksi.
Vaikka se on harvinaista, vasektomian epäonnistuminen on ongelma pienelle potilaalle. Tämäntyyppisten vasektomiaongelmien syy on usein tuntematon, ja myös syy siihen, että potilaita kehotetaan käyttämään vaihtoehtoisia syntyvyyden muotoja kolmen ensimmäisen kuukauden ajan toimenpiteen jälkeen. Niin kauan kuin potilas noudattaa pyydettyä siittiöiden näytteenottotaulukkoa, tämä ongelma voidaan ratkaista ennen kuin suunnittelemattomat raskaudet tapahtuvat.