Yöpahoinvoinnin syyt ovat usein samat kuin ne, jotka aiheuttavat pahoinvointia päiväsaikaan. Jotkut yleisimmistä yöpahoinvoinnin syistä ovat stressi, aamupahoinvointi, lääkkeiden sivuvaikutukset ja virus- tai bakteeri -infektiot. Henkilö voi myös kokea yöpahoinvointia närästyksen tai ruoansulatushäiriöiden vuoksi. Joissakin tapauksissa henkilö voi myös tuntea pahoinvointia yön aikana, koska hän on liikaa alkoholijuomaa. Vaikka yöpahoinvointi ei välttämättä aiheuta hälytystä, henkilö, jolla on jatkuva pahoinvointi, voi olla hyvä kysyä neuvoa lääkäriltä.
Stressi on yksi yleisimmistä yöpahoinvoinnin syistä. Päivisin monet ihmiset ovat liian kiireisiä huomaamaan stressin ja ahdistuksen vaikutukset. Yöllä kuitenkin, kun asiat ovat hiljaisia ja heillä on mahdollisuus levätä, jotkut ihmiset joutuvat huolen ja stressin valtaan. Tämä voi paitsi aiheuttaa pahoinvointia, myös vaikeuttaa nukahtamista.
Aamupahoinvointi on toinen yleinen yöpahoinvoinnin syy. Aamupahoinvointi, johon liittyy pahoinvointia ja oksentelua, on yleinen oire raskauden alkuvaiheessa. Monet ihmiset odottavat aamupahoinvoinnin oireiden olevan ahdistavia vasta aamulla, mutta ovat yllättyneitä siitä, että ne voivat vaikuttaa raskaana olevaan naiseen milloin tahansa päivällä tai yöllä. Se voi olla jopa pahempaa yöllä, koska naisen vatsa tuntuu usein tyhjältä tähän aikaan päivästä, mikä voi edistää ahdistusta.
Ruoansulatuskanavan sairaudet, jotka kehittyvät virusten ja bakteerien takia, voivat myös aiheuttaa henkilölle yöpahoinvointia. Esimerkiksi vatsaviruksen saanut henkilö voi kokea oireita yöllä. Tällaiset oireet voivat kuitenkin kehittyä milloin tahansa päivällä tai yöllä. Pahoinvoinnin alkaminen yöllä voi yksinkertaisesti liittyä siihen, kun henkilö sai viruksen. Jos esimerkiksi henkilö on saanut viruksen päivän aikana, jonka itämisaika on kahdeksan tuntia, on todennäköistä, että hän alkaa tuntea pahoinvointia yön aikana.
Joissakin tapauksissa ruoansulatushäiriöt ja närästys voivat aiheuttaa pahoinvointia yöllä. Yksilö voi esimerkiksi syödä illallisella jotain, mikä aiheuttaa hänelle vatsavaivoja. Joissakin tapauksissa oireet eivät ilmene heti, mutta voivat johtaa pahoinvointiin jossain vaiheessa yötä. Närästys, johon liittyy ruokatorveen siirtyvä mahahappo, voi myös aiheuttaa pahoinvointia yöllä. Itse asiassa ne, jotka menevät nukkumaan kolmen tunnin kuluessa syömisestä, voivat todennäköisemmin kokea tämän pahoinvoinnin syyn.
Henkilö voi myös kokea yöpahoinvointia alkoholijuomien liiallisen nauttimisen jälkeen. Joissakin tapauksissa henkilö alkaa pahoinvoida pian liiallisen juomisen jälkeen. Muissa tapauksissa henkilö voi kuitenkin mennä nukkumaan ja herätä pahoinvoinnin tunteisiin myöhemmin.