Zuni -intiaaneilla on pitkä historia lounais -Yhdysvaltojen Pueblo -intiaanien jälkeläisinä. Ihmiset ovat asuneet Zunin alueella jo ennen vuotta 2500 eKr. Zunin historia alkaa anasazi -intiaaneilla, jotka asuivat Zunin alueella 1,000 vuotta ennen ensimmäisten eurooppalaisten saapumista sinne. Anasazi -intiaanit asuivat joen varrella nykyisen Uuden Meksikon länsiosassa, ja he kehittivät kastelujärjestelmän ja tekivät keramiikkaa ja koreja, joita Zunit paransivat. Noin vuonna 900 Zunin maatalouden parannukset herättivät väestönkasvua, ja asutus laajeni.
Zuni-heimo rakensi 1100-luvulta lähtien ainutlaatuiset aukion kaltaiset pueblo-asunnot, jotka ovat kestäneet vuosisatoja. Väestö kasvoi edelleen. Joskus vuosien 1300 ja 1500 välillä Zuni perusti seitsemän kaupunkia ympäri aluetta. Näillä kaupungeilla on edelleen vahvat siteet Zunin historiaan, koska arkkitehtuuri on pysynyt lähes muuttumattomana.
Vuonna 1539 espanjalainen Fray Marcos de Niza tuli Zunin laaksoon etsimään kultaa ja rikkauksia. Fray Marcos lähetti orjansa Estebanin puhumaan heimojen kanssa. Esteban halusi turkoosia ja Zuni -naisia heimoilta; hänen vaatimuksensa raivostuttivat zunit, ja he tappoivat hänet. Fray Marcos palasi Meksikoon ja kertoi ”seitsemästä kultakaupungista”, joita zunit vartioivat. Vaikka näillä tarinoilla ei ollut juurikaan totuutta, espanjalaiset olivat kiinnostuneita.
Seuraavana vuonna toinen tutkimusmatkailija nimeltä Francisco Vasquez de Coronado aloitti hyökkäyksen Zunin kyliin tykillä ja hevosen miekkailijoilla. Hän voitti nopeasti Zunin puolustajat ja otti haltuunsa kylät. Coronado ei löytänyt kultaa, vaan miehitti alueen vain hetken ennen kuin lähti muille alueille.
Seuraavan sadan vuoden aikana espanjalaiset tutkimusmatkailijat kulkivat Zunin laakson läpi etsien vaurautta. Alueelle perustettiin katolinen lähetyskenttä. Monet alueen heimoista hieroivat espanjalaista valtaa, ja vuonna 1690 Pueblon intiaanit aloittivat yhteisen kapinan nimeltä Pueblo -kapina. Zunis poltti katolisen tehtävän ja tappoi yhden veljen. Sitten heimo vetäytyi mesa -nimiseen Dowa Yalanne, joka tarkoittaa “maissivuorta” zunin kielellä.
12 vuoden kuluttua Dowa Yalannesta Zuni allekirjoitti sopimuksen espanjalaisten kanssa ja meni mesaan. Näin alkoi rauhallinen kausi Zunin historiassa, jolle oli ominaista vähäinen kontakti ulkopuolisten kanssa. Zunit hylkäsivät vanhat kylänsä ja rakensivat uuden pueblon nimeltä Zuni Zuni -joen pohjoispuolelle. Alueen katoliset lähetystyöt rappeutuivat.
Samaan aikaan Yhdysvaltain hallitus vakiinnutti alueensa lounaaseen. Vuonna 1850 Zunin vanhimmat matkustivat Sante Feen allekirjoittamaan heimomaita suojaavan sopimuksen. He rakensivat lisää kyliä ja allekirjoittivat rauhansopimukset naapuriheimojen kanssa. 1800-luvulla Zunit aloittivat sepän ja korujen valmistuksen; 1870 -luvulle mennessä heimo oli oppinut asettamaan turkoosia kiviä hopeisiin rannekoruihin, kaulakoruihin ja sormuksiin.
20 -luvun vaihteessa Zunin laaksoon perustettiin useita kouluja. Katolinen lähetystö avattiin uudelleen vuonna 1921. Zuni teki yhteistyötä amerikkalaisten kanssa rakentaakseen patoja ja kastelujärjestelmiä alueelle ja jatkoi korujen valmistusta: vuoteen 1945 mennessä korujen myynti muodosti 65% Zuni -heimon käteistuloista.
1980 -luvulta 2000 -luvun alkuun Zunit osallistuivat useisiin oikeustaisteluihin Yhdysvaltojen heimomaiden miehityksen korjaamiseksi ja ehdotukseen hiilikaivoksen avaamisesta Zuni -suolajärven lähellä. Zuni voitti järven ja 25 miljoonan dollarin (USD) korvaukset. Taistelu Zunin historian säilyttämiseksi jatkuu, kun heimo säilyttää suvereniteettinsa ja avaa uusia taloudellisia mahdollisuuksia kansalleen.