Useimmissa tapauksissa amoksisilliinin säilyvyysaika on yhdestä kahteen vuoteen. Joitakin säilyvyyteen vaikuttavia tekijöitä ovat altistuminen valolle, lämmölle ja kosteudelle. Nestemäisessä muodossa olevaa amoksisilliinia, jota kutsutaan myös oraalisuspensioksi amoksisilliiniksi, vaaditaan tyypillisesti jääkaapissa. Jos nestemäistä amoksisilliinia ei jäähdytä, se voi vaikuttaa negatiivisesti säilyvyyteen. Yleensä amoksisilliinisäiliön koko sisältö on otettava 10 päivän kuluessa lääkkeen määräämisestä lääkärin ohjeiden mukaan, ja henkilön, joka harkitsee vanhan amoksisilliinin ottamista, on luultavasti kysyttävä lääkäriltään ennen sitä.
Useimmat lääkkeet, mukaan lukien amoksisilliini, on merkitty viimeisillä päivämäärillä, joissa väitetään, että lääke on hyvä enintään vuoden ajan lääkemääräyksen jälkeen. On mahdollista, että suurin osa lääkkeistä on edelleen turvallisia kuluttaa yli vuoden ajan lääkemääräyksen jälkeen, vaikka ne eivät ehkä toimi yhtä hyvin kuin tuoreina. Tehon heikkeneminen johtuu ainakin osittain siitä todennäköisyydestä, että useimmat lääkkeet ovat todennäköisesti vuoden sisällä altistuneet epäsuotuisille olosuhteille, jotka voivat vaikuttaa niiden tehoon. Valolle, lämmölle ja kosteudelle altistuminen voi ajan myötä aiheuttaa sen, että amoksisilliinin ja muiden lääkkeiden sisältämät kemikaalit eivät reagoi samalla tavalla kuin alun perin, mikä tarkoittaa, että ne eivät välttämättä ole hyödyllisiä erilaisten sairauksien hoidossa.
Henkilön, joka haluaa varmistaa, että hänen amoksisilliininsa käyttö on turvallista, tulee noudattaa kaikkia pakkauksessa olevia ohjeita, jotka koskevat säilytystä amoksisilliinin pidennetyn säilyvyysajan aikana. Ihanteellinen paikka amoksisilliinin säilyttämiseen tabletin muodossa sen suojaamiseksi valolta, kuumuudelta tai kosteudelta on todennäköisesti lääkekaapin sisällä. Monet ihmiset asettavat astioita amoksisilliinitabletteja ikkunalaudalle, mutta tämä johtaa yleensä liialliseen valon ja lämmön altistumiseen. Amoksisilliinin säilyttäminen kylpyhuoneessa työtasolla eikä lääkekaapin sisällä tarkoittaa, että amoksisilliini joutuu todennäköisesti kosketuksiin liiallisen kosteuden kanssa. Nestemäisen amoksisilliinin säilyvyysaika voi olla hieman lyhyempi kuin tabletin amoksisilliini, koska se on tavallisesti jäähdytettävä, ja nestemäinen muoto ei todennäköisesti ole tehokas pitkään, jos sitä ei säilytetä jääkaapissa.
Riippumatta säilyvyysajasta, on tärkeää muistaa, että amoksisilliini on antibiootti. Useimmat lääkärit määräävät antibiootteja ihmisille, joilla on erityisiä ohjeita ottaa se kokonaisuudessaan sen varmistamiseksi, että amoksisilliinin hoitoon määrätyt infektiot häviävät. Henkilön, joka ei ole suorittanut amoksisilliinikierrosta ja ajattelee ottaa jäljellä olevan hoidon toisen infektion hoitoon, ei pitäisi tehdä niin kysymättä lääkäriltä. Jos amoksisilliini on vanhentunut, se ei ehkä ole yhtä tehokas kuin silloin, kun se määrättiin ensimmäisen kerran. Amoksisilliini, joka ei ole tarpeeksi voimakas tappamaan infektiota, ei todennäköisesti ole hyödyllinen, ja altistuminen heikolle amoksisilliinille saattaa itse asiassa aiheuttaa bakteerien vahvistumisen ja vaikeamman hoidon.