Kehon homokysteiinipitoisuuksiin voivat vaikuttaa monet eri tekijät, jotka voivat olla erittäin tärkeitä, sillä niiden tiedetään liittyvän lisääntyneeseen verihyytymien, sydänkohtausten ja aivohalvausten riskiin. Tietyt geneettiset häiriöt voivat aiheuttaa ongelmia homokysteiinin hajoamisessa ja aiheuttaa tasojen nousua. Ihmiset, jotka eivät saa tarpeeksi B -vitamiineja, voivat myös olla kohonneita. Useat sairaudet, mukaan lukien kilpirauhasen ja munuaissairaudet, voivat vaikuttaa siihen, kuinka paljon aminohappoa on, samoin kuin eräät lääkkeet. Naisilla ikä on usein tekijä, pääasiassa siksi, että muuttuvat hormonitasot voivat aiheuttaa muutoksia homokysteiinitasoissa.
Ihmisillä, joilla on geneettisiä häiriöitä, jotka aiheuttavat välittäjämolekyylejä, jotka auttavat hajottamaan homokysteiiniä, toimintahäiriöitä tai puuttuvat yleensä, ovat yleensä kohonneet. Homokystinuria, vakava sairaus, joka tyypillisesti diagnosoidaan lapsuudessa ja jossa välittäjämolekyylejä ei ole läsnä, aiheuttaa lukemattomia ongelmia, jotka liittyvät veren erittäin korkeisiin homokysteiinipitoisuuksiin. Lievä tila on hyperhomokysteinemia, jossa välittäjämolekyylit ovat olemassa, mutta eivät toimi optimaalisella tasolla.
B -vitamiineilla on myös tärkeä rooli ihmisen homokysteiinitasoissa. Foolihappo, B6 -vitamiini ja B12 -vitamiini ovat kaikki kriittisiä homokysteiinin hajoamiselle, ja niiden puute aiheuttaa tasojen nousua. Niiden, jotka eivät saa tarpeeksi näitä vitamiineja ruokavaliossaan, on ehkä otettava lisäravinteita tai syötävä enemmän niitä sisältäviä elintarvikkeita, jotta homokysteiinitasot palautuvat normaaliksi.
Jotkut lääketieteelliset ongelmat voivat johtaa kohonneisiin homokysteiinipitoisuuksiin. Vähentynyt kilpirauhashormonin tuotanto voi aiheuttaa ongelman, samoin kuin munuaissairaus. Myös ihosairaus psoriaasi voi olla syyllinen.
Lääkkeet voivat myös aiheuttaa vaihteluja ihmisen kehon homokysteiinipitoisuuksissa. Ehkäisypillereiden käyttö voi auttaa alentamaan tasoja, koska ne lisäävät estrogeenitasoja, mikä näyttää vaikuttavan homokysteiiniin. Epilepsialääkkeitä käyttävillä potilailla voi olla suurempia määriä homokysteiiniä. Toinen lääke, joka voi aiheuttaa tasojen nousun, on metotreksaatti.
Naiset voivat kokea muutoksen homokysteiinipitoisuuksissa elämänsä aikana estrogeenipitoisuuksien muutosten vuoksi. Raskaana olevat naiset huomaavat usein, että niiden taso laskee, koska heillä on tavallista enemmän estrogeenia. Vanhemmat naiset, jotka ovat käyneet vaihdevuodet, kun estrogeenitasot luonnollisesti laskevat, yleensä näkevät homokysteiinin nousevan. Estrogeenilisien käyttö voi auttaa vähentämään niitä.