Lennonjohtajan palkkaan vaikuttavat monet tekijät, joihin kuuluvat henkilön akateemiset tiedot, työkokemus, työpaikka ja erityisvastuut. Useimmissa maissa lennonjohtajat ovat valtion työntekijöitä ja jotkut näistä henkilöistä ovat armeijan haaratoimistojen palveluksessa. Vaikka erityiset vastuut voivat vaihdella, lennonjohtajat ovat viime kädessä vastuussa siitä, että ilma-alukset voivat turvallisesti nousta ja laskea tietyillä lentoasemilla tai muissa paikoissa.
Useimmissa tapauksissa lennonjohtajien on täytynyt suorittaa korkeakoulututkinto ilmailu- tai avaruustekniikasta tai siihen liittyvästä aiheesta. Lennonjohtajan palkka voi vaihdella riippuen oppilaitoksesta, johon henkilö osallistui, koska jotkut työnantajat maksavat palkkion suurista yliopistoista valmistuneiden rekrytoimiseksi. Lisäksi jotkut yliopistot tarjoavat jatkotutkinto -ohjelmia, ja ne, jotka suorittavat tällaiset ohjelmat, voivat tyypillisesti määrätä korkeampia palkkoja kuin vastaavat.
Siviili -ilmailun sääntelyviranomaiset monissa maissa hallinnoivat lennonjohtajien koulutuskursseja, ja viraston lainkäyttövaltaan kuuluvien ihmisten on suoritettava yksi näistä kursseista ennen lennonjohtajaksi hakemista. Koulutuskurssit ovat joissain maissa tiukempia kuin toiset, ja pätevien ohjaajien palkat mukautetaan vastaavasti. Jotkut koulutuskurssit valmistavat opiskelijoita työskentelemään pienen volyymin lentoasemilla, kun taas toisilla on tarkoitus valmistaa ihmisiä työskentelemään suurissa kansainvälisissä solmukohdissa. Koulutuksen syvyys vaikuttaa lopulta yksilön palkkaan.
Kuten monet työnantajat, lentoaseman pitäjät myöntävät usein palkankorotuksia kokeneille työntekijöille. Koska uusien työntekijöiden on työskenneltävä ylempien työntekijöiden johdolla, veteraani -ohjaajille maksetaan yleensä enemmän palkkaa kuin nuorille kollegoilleen. Vaikka lennonjohtajan palkkaan vaikuttaa suoraan henkilön kokemustaso, palkkoihin voi myös vaikuttaa negatiivisesti, jos lennonjohtajat ovat tehneet virheitä. Monien maiden sääntelyvirastoilla on mahdollisuus keskeyttää virhealttiiden rekisterinpitäjien toiminta, ja menneiden virheiden yksityiskohdat estävät usein tällaisia henkilöitä siirtymästä korkeamman palkkauksen tehtäviin.
Elinkustannukset vaihtelevat maittain, mutta jopa yhden kansakunnan sisällä päivittäiset kulut ovat joillakin alueilla paljon korkeammat kuin toiset. Siksi lennonjohtajan palkka riippuu osittain siitä, missä lennonjohtaja on. Lisäksi jotkut syrjäiset lentokentät joutuvat maksamaan keskimääräistä korkeampaa palkkaa pätevien lennonjohtajien houkuttelemiseksi.
Sekä pienet että suuret lentokentät työllistävät lennonjohtajia, ja näiden henkilöiden palkka riippuu osittain heidän työmäärästään. Joillakin pienillä lentokentillä on vain pieni määrä lentoja päivässä, jolloin lennonjohtaja voi olla osa-aikainen. Suurilla lentokentillä työskentelee kokopäiväisiä lennonjohtajia, joista osa joutuu työskentelemään yön aikana. Monissa tapauksissa työnantajat maksavat korkeampaa palkkaa ohjaajille, joiden on työskenneltävä pitkiä vuoroja, ja niille, jotka työskentelevät yövuorossa.