Matkatoimistojen hinnat riippuvat heidän myymiensä matkatuotteiden tyypeistä, asiakkaiden tarjoamien konsultointien määrästä ja heidän omasta asiantuntemuksestaan. Tilanteissa, joissa matkatoimisto myy asiakkailleen matkatuotteita, jotka maksavat vähän tai ei lainkaan provisioita, kuten lentolippuja, hinnat asetetaan yleensä sen varmistamiseksi, että matkatoimisto saa kohtuullisen korvauksen ajastaan. Konsultointipalvelujen maksut ja hinnat riippuvat todennäköisemmin matkatoimiston kokemuksesta matkatoimistojen tarjoamisesta tai hänen tietämyksestään tietystä maantieteellisestä alueesta tai matkatyypistä. Matkatoimistojen hinnat voidaan myös asettaa elinkustannusten mukaan alueella, jolla matkatoimisto toimii.
Internet-pohjaisten matkapalvelujen myötä monet matkailutoimittajat, kuten lentoyhtiöt, hotellit ja pakettioperaattorit, ovat vähentäneet tai poistaneet matkatoimistoille maksettavat palkkiot. Tämän seurauksena nämä matka -asiantuntijat ovat joutuneet ottamaan matkatoimistojen hinnat käyttöön voidakseen jatkaa toimintaansa. Joissakin tapauksissa nämä hinnat ovat käytössä kompensoidakseen matkatoimistolle, joka takaa asiakkailleen ei-provisiopalvelun tai vähäpalkkaisen matkapalvelun. Näistä hinnoista ja maksuista voidaan luopua tilanteissa, joissa matka -asiakas ostaa muita matkatuotteita, jotka tarjoavat edustajalle riittävän palkkion. Jos asiakas esimerkiksi varaa ulkomaanmatkan ja ostaa lentolipun, lomakeskuspaketin ja maakuljetuspalvelut, matkatoimisto voi luopua normaalista lentolipun varausmaksusta, koska hän saa runsaasti provisioita muista matkaostoista.
Joidenkin matkatoimistojen hintojen tarkoituksena on korvata kokeneille matkatoimistoille heidän aikansa tutkia matkavaihtoehtoja ja tarjota neuvoja asiakkaille. Nämä hinnat veloitetaan tyypillisesti keinona suojata matkatoimistoa käyttämästä aikaa neuvomassa potentiaalista asiakasta matkavaihtoehdoista vain menettäessään palkkiot, kun asiakas varaa matkansa suoraan tai toisen matkatoimiston kanssa. Maksut vaihtelevat sen mukaan, minkä tyyppistä tutkimusta matkatoimisto tekee asiakkaansa puolesta, ja sen, onko matkatoimiston jouduttava hankkimaan lisäkustannuksia turvatakseen matkavaihtoehdot, kuten soittaa kansainvälisiä puheluita tai lähettää fakseja eri matkamyyjille . Kuten lentolippumaksut, matkatoimisto luopuu joskus näistä maksuista, jos asiakas tekee merkittävän ostoksen.