Tärkein varenikliiniannokseen vaikuttava tekijä on vaihe, jossa potilas on hoidossa. Varenikliinia käytetään tupakoinnin lopettamisen apuvälineenä, ja se aloitetaan pienellä annoksella ja sitä käytetään useita päiviä. Toinen tekijä, joka voi vaikuttaa varenikliiniannokseen, on munuaisten vajaatoiminta, joka saattaa edellyttää pienempää annosta. Useimmissa maissa varenikliini on saatavana reseptillä vain lääkärin kautta, ja se voi olla tunnettu eri kauppanimillä eri maiden valmistajien mukaan.
Varenicline auttaa tupakoinnin lopettamisessa kahdella päämekanismilla. Ensisijaisesti se stimuloi aivojen nikotiinireseptoreita, jotka ovat samoja reseptoreita kuin tupakoinnin aiheuttama nikotiini, ja vähentää siten himoa ja vieroitusoireita. Se estää myös nikotiinin ja estää sen toimimasta reseptoreissa, jolloin tupakoinnista normaalisti aiheutuva nautinto ei enää esiinny.
Varenikliinia määrättäessä lääkäri neuvoo potilasta huolellisesti. Heidän on vahvistettava päivämäärä, jolloin tupakointi lopetetaan ja ensimmäinen varenikliiniannos otetaan viikko tai kaksi ennen tätä päivämäärää. Varenikliinin aloitusannos on yleensä 0.5 mg kerran vuorokaudessa, ja se kasvaa kolmen päivän kuluttua 0.5 mg: aan kahdesti vuorokaudessa. Seitsemän päivän hoidon jälkeen varenikliiniannos nostetaan 1 mg: aan kahdesti vuorokaudessa. Tätä jatketaan 12 viikon ajan, ja joskus määrätään toinen kurssi tupakoinnin pidättäytymisen mahdollisuuden lisäämiseksi.
Kuten kaikki lääkkeet, varenikliini voi aiheuttaa haittavaikutuksia joillekin potilaille. Ilmoitettuja sivuvaikutuksia olivat pahoinvointi, päänsärky, unettomuus, outoja unia ja huimausta, ruoansulatuskanavan haittavaikutuksia ja psykiatrisia sivuvaikutuksia. On parasta välttää ajamista ja raskaiden koneiden käyttöä etenkin varenikliinihoidon aikana. Jos haittavaikutuksia ilmenee, on hakeuduttava lääkärin hoitoon ja hoito voidaan lopettaa tai antaa pienempi varenikliiniannos.
Varenikliinihoidon aloittamisen yhteydessä on tärkeää, että määräävä lääkäri saa tiedon kaikista muista lääkkeistä, joita henkilö käyttää, koska yhteisvaikutuksia voi esiintyä. Tämä sisältää homeopaattisia, täydentäviä ja käsikauppalääkkeitä. Tupakointi voi vaikuttaa myös muiden lääkkeiden annoksiin, joten tupakoinnin lopettamisen jälkeen näiden annoksia voidaan joutua muuttamaan, jotta maintiainin terapeuttinen kontrolli voidaan saavuttaa. Varenikliinihoito voi olla vasta -aiheista potilailla, joilla on jokin perussairaus, joten myös näistä on keskusteltava lääkärin kanssa, samoin kuin raskaudesta, halutusta raskaudesta ja imetyksestä.