Ruokamyrkytyksen kesto riippuu ensisijaisesti sairaudesta vastuussa olevasta organismista tai toksiinista. Ihmisen ikä ja fyysinen kunto voivat myös vaikuttaa ruokamyrkytyksen kestoon. Useimmissa tapauksissa ruokamyrkytys paranee yhdestä seitsemään päivään. Vaikeat tapaukset voivat kuitenkin kestää kauemmin, varsinkin jos toksiinit ovat levinneet verenkiertoon tai muihin kehon alueisiin. Nopean toipumisen vuoksi potilaiden tulee pysyä nesteytettynä ja hakeutua lääkärin hoitoon, jos heidän tilansa pahenee tai ei parane muutaman päivän kuluessa.
Yleisimmät ruokamyrkytyksen syyt ovat bakteerit. Muutamia esimerkkejä sairauksia aiheuttavista bakteereista ovat Clostridium botulinum, Vibrio parahaemolyticus, Staphylococcus aureus, Escherichia coli (E coli), Bacillus cereus, Clostridium perfringens ja Shigella. Jotkut näistä organismeista aiheuttavat oireita, jotka paranevat muutamassa päivässä, kun taas toiset aiheuttavat vakavampia sairauksia.
Clostridium botulinum on bakteeri, joka aiheuttaa harvinaisen botulismin sairauden. Se esiintyy useimmiten väärin säilykkeiden, kuten chilin, maissin tai keiton, kulutuksen jälkeen. Botulismin hoitoon potilaille annetaan antitoksiinia, joka estää myrkkyä leviämästä verenkiertoon. Jopa ruokamyrkytyksen hoidon jälkeen tämä tila voi kestää viikkoja toipua. Hoitamattomana botulismi voi johtaa halvaantumiseen tai kuolemaan.
Toinen ruokamyrkytyksen syy, jolla on taipumus kestää pitkään, on Vibrio parahaemolyticus. Tätä bakteeria esiintyy alikeitetyssä ruoassa ja äyriäisissä. Saastuneen ruoan nauttimisen jälkeen useimmat ihmiset alkavat näyttää oireita, kuten kuumetta ja oksentelua, 12–14 tunnin kuluessa. Nämä oireet kestävät tyypillisesti kahdesta viiteen päivää. Vaikeat tapaukset voivat kestää jopa 10 päivää.
Staphylococcus aureuksen, Escherichia colin (E coli), Bacillus cereuksen, Clostridium perfringensin ja Shigellan aiheuttama ruokamyrkytys paranee yleensä paljon nopeammin. Useimmissa tapauksissa oireet ilmaantuvat alle 24 tunnissa ja jatkuvat yhdestä kahteen päivään. Tällaiset ruokamyrkytykset ovat harvoin vakavia. Silti, jos oireet pahenevat tai eivät parane kolmen tai neljän päivän kuluessa, potilaiden tulee neuvotella lääkärin kanssa.
Haitallisten toksiinien nauttiminen voi myös johtaa myrkytykseen. Esimerkkejä myrkyllisistä elintarvikkeista ovat monentyyppiset luonnonvaraiset sienet, suuret elohopeapitoiset kalat ja torjunta-ainepitoiset tuotteet. Yleisimmät myrkyllisten kemikaalien aiheuttamat ruokamyrkytyksen oireet ovat pahoinvointi, ripuli ja oksentelu. Jos oireet eivät parane muutamassa päivässä, potilaiden on hakeuduttava lääkärin hoitoon. Ihmisten, jotka kärsivät vakavista oireista, tulee kääntyä välittömästi lääkärin puoleen, koska tietyt toksiinit voivat olla hengenvaarallisia.
Ruokamyrkytykset voivat johtua myös virus- ja alkueläininfektioista. Virustartunnat, kuten saastuneiden äyriäisten nauttiminen, aiheuttavat tyypillisesti kaksi tai kolme päivää. Alkueläininfektiot, kuten amoebiasis, cryptosporidium enteriitti ja giardiasis, kehittyvät yleensä viikon kuluessa saastuneen veden nauttimisesta. Nämä infektiot aiheuttavat oireita, jotka voivat kestää muutamasta päivästä useisiin viikkoihin. Mahdollisesti saastuneen veden välttäminen on yksi parhaista tavoista estää virus- tai alkueläininfektion aiheuttama ruokamyrkytys.
Ihmisen ikä voi myös vaikuttaa ruokamyrkytyksen kestoon. Imeväiset ja vanhemmat aikuiset kärsivät todennäköisemmin pitkäaikaisista sairauksista altistuessaan myrkkylle tai vaaralliselle organismille. Heillä on myös suurempi riski saada pitkäaikaisia sivuvaikutuksia ruokamyrkytyksen jälkeen.
Raskaana olevat naiset ja ihmiset, joilla on heikentynyt immuunijärjestelmä, voivat myös kehittää vakavampia ruokamyrkytyksiä. Koska immuunijärjestelmä ei kykene taistelemaan infektioita vastaan, ruokamyrkytyksen kesto voi olla pidempi näillä yksilöillä. Myös riski, että infektio leviää verenkiertoon tai vaikuttaa suuriin elimiin, on suurempi. Mahdollisesti vaarallisten komplikaatioiden välttämiseksi lääkärin on tutkittava tapaukset, jotka kestävät muutaman päivän.