Siittiöiden analyysituloksiin voi vaikuttaa keräysmenetelmä, ajoitus ja käsittely ennen laboratoriotutkimusta. Yleensä lääkäri pyytää tätä testiä osana diagnostista työtä epäillyn hedelmättömyyden vuoksi. Jos tulokset viittaavat ongelmaan, lääkäri voi suositella testin toistamista varmistaakseen. Toistuvat testit, joilla on sama tulos, osoittavat, että miehellä voi olla hedelmällisyysongelma, ja lääkäri voi alkaa keskustella hoitovaihtoehdoista.
Yksi ongelma siittiöiden analyysituloksissa on käytetty keräysmenetelmä. Miehet voivat mennä klinikalle näytteen antamista varten tai ottaa näytteenoton kotona ja viedä sen laboratorioon. Klinikan ympäristö voi olla epämiellyttävä ja stressi voi johtaa vähemmän kuin ihanteellinen näyte. Jos mies asuu lähellä klinikkaa, hän saattaa haluta kysyä keräilystä kotona nähdäkseen, onko mahdollista saada puhtaampi näyte ensimmäisellä kerralla.
Ajoitus on myös ongelma. Miesten tulisi pidättäytyä siemensyöksystä vähintään kaksi päivää ennen testiä ja ehkä haluta odottaa kaksi tai neljä viikkoa testien välillä, jos heidän on toimitettava uusi näyte. Hedelmällisyys voi vaihdella ympäristön ja muiden tekijöiden perusteella, joten yksi näyte saattaa tuottaa alhaisen siittiöiden määrän, kun taas seuraava voi olla normaali. Upeat testit voivat auttaa välttämään ongelman saada näytteitä huonoon aikaan ja vääristää siittiöiden analyysituloksia.
Käsittelyllä voi olla negatiivinen vaikutus siittiöiden analyysituloksiin. Ihannetapauksessa siittiöiden pitäisi olla tuoreita ja tutkittava kahden tunnin kuluessa. Jos näin ei ole, laboratorio ei ehkä pysty toimittamaan tarkimpia tuloksia analyysin avulla. Huono käsittely ja varastointi laitoksessa voivat myös olla ongelma, minkä vuoksi on tärkeää käyttää hyvämaineista laboratoriota. Hyvillä laboratorioilla on selkeät protokollat kaikkien näytteiden käsittelyyn, vikaturvalliset järjestelmät ja tarkastukset sen varmistamiseksi, että näitä protokollia noudatetaan aina.
Potilaiden, jotka katsovat siittiöanalyysin tuloksia, tulisi myös olla tietoisia siitä, että yksittäisten miesten välillä voi olla huomattavaa vaihtelua. Klinikat voivat tarjota karkean keskiarvon potilaidensa kokemusten ja tätä aihetta koskevan tutkimuksen perusteella. Miehellä, jonka arvot näyttävät jäävän keskiarvon ulkopuolelle, ei kuitenkaan välttämättä ole ongelmia. Potilaiden tulisi keskustella tuloksista lääketieteen ammattilaisen kanssa saadakseen jonkinlaisen kontekstin laboratorioraportin numeroista. On myös tärkeää olla tietoinen siitä, että jokaisella laboratorialla on omat standardinsa, joten yhden laboratorion numero voidaan tulkita eri tavalla kuin sama luku toisessa laitoksessa.