Suuri osa viimeisistä 400 miljoonasta vuodesta Etelämanner on ollut lauhkea paikka, metsien ja eläinten peittämä. Manner -ajautumisen vuoksi se on siirtynyt päiväntasaajan hajalta etelänapaan, missä se on nykyään. Nykyään Etelämanner on planeetan kylmin maanosa, lähes kokonaan jääkerroksen peitossa, eikä eläimiä ole lainkaan, lukuun ottamatta pingviinien vierailua ja muutamia pieniä vikoja rannikkoalueilla.
Mutta se ei aina ollut näin. Etelämanner oli aikoinaan osa Gondwanan superkontinentia, joka kesti noin 160 miljoonaa vuotta sitten, kun se alkoi hitaasti hajota. Gondwana sisälsi nykyään suurimman osan maanosista eteläisellä pallonpuoliskolla, mukaan lukien Etelä -Amerikka, Afrikka, Arabia, Intia, Australia ja Uusi -Seelanti. Gondwana ulottui päiväntasaajalle ja oli yksi maailman kahdesta superkontinentista yhdessä Laurasian kanssa, johon kuului nykyinen Pohjois-Amerikka ja Aasia. Fossiileja eräistä varhaisimmista monimutkaisista elämistä on löydetty sitä ympäröivästä matalasta merestä.
Kun elämä tuli ensimmäistä kertaa maahan, Etelämanner oli yksi mantereen maa -alueista, jotka peitettiin metsissä ja eläimissä. Suuri osa Etelämantereen fossiilisista ennätyksistä on jään alla, mutta fossiileja, mukaan lukien dinosaurukset, löytyy Etelämantereen vuoristosta, jossa kiviä nousee mantereen mailin syvyydestä.
Dinosaurusten aikoina Gondwanan pohjois-eteläsuunta esti virtausten kiertämisen tietyllä leveysasteella, sen sijaan suuntaamalla ne pitkiä matkoja pohjoiseen ja etelään. Tämä esti lämpötilaerot millä tahansa leveysasteella pakottamasta vedet pysyvään kuumaan tai kylmään lämpötilaan, kuten navat ovat nykyään.
Kun Etelämanner alkoi irrottautua Gondwanan mantereesta 160 miljoonaa vuotta sitten, jäähtyminen alkoi. Se muutti etelään, edelleen yhteydessä Australiaan ja Etelä -Amerikkaan, mutta erotettu Afrikasta. Tässä vaiheessa Etelämantereella oli vielä trooppinen tai subtrooppinen ilmasto, mutta se sijaitsi etelämpänä, lähellä nykyisen Australian leveysastetta. Kuten nykypäivän Australiassa, mantereella oli pussieläin.
Noin 40 miljoonaa vuotta sitten Etelämanner erosi nykyisestä Australiasta ja alkoi jäähtyä entisestään, sen metsät kuolivat. Jää ja jäätiköt alkoivat peittää mantereen, mutta Etelämantereen elämän lopullinen loppu tuli vasta noin 23 miljoonaa vuotta sitten, kun Etelämanner erosi Etelä -Amerikasta ja avattiin Drake Passage. Tämä mahdollisti Etelämantereen sirkumpolaarisen virran olemassaolon, joka on kylmä virta, joka ympäröi mannerta jatkuvasti. Sen seurauksena maanosa peitettiin mailin syvään jääkerrokseen, koska satanut lumi ei koskaan sulanut. Nykyään Etelämantereen jäätikkö sisältää noin 70% kaikesta maapallon makeasta vedestä.