Keskustelu kahvista ja terveydestä jatkuu todennäköisesti pitkään. Aluksi tutkimukset viittasivat siihen, että kahvi ei ollut kovin hyödyllinen ihmisten terveydelle, mutta laajempi tutkimus on kyseenalaistanut tämän ajatuksen. Sekä Coffea arabica että Coffea robusta näyttävät sisältävän yhdisteitä, jotka voivat itse asiassa tehdä kahvijuomista terveellisempiä. Huolimatta huolenaiheista Arabica -papujen yhdisteistä, olisi hieman venyttävää sanoa, että ne ovat epäterveellisiä.
Kahvin varhaisissa tutkimuksissa, joissa todettiin, että se oli haitallista kuluttajille, ei usein otettu huomioon muita tekijöitä. Monet säännölliset kahvin juovat myös tupakoivat ja joivat esimerkiksi, ja nämä toimet ovat olleet selvästi yhteydessä terveysongelmiin. Tarkempi tarkastelu paljasti, että monet kahvin kulutukseen liittyvät ongelmat johtuivat itse asiassa muista vaikutuksista.
Kaksi Arabica -papukahvin riidanalaista yhdistettä ovat Kahweol ja cafestol. Molemmat ovat diterpeeniyhdisteitä, ja molemmat on yhdistetty terveysongelmiin. Kahweol näyttää kohottavan maksaentsyymejä. Cafestol nostaa huonoa kolesterolia, ja sitä esiintyy sekä Arabica- että Robusta -pavuissa, vaikka arabikassa on paljon suurempi pitoisuus. On parasta olla käyttämättä liikaa, mutta kahvin valmistaminen suodattimella poistaa suurimman osan näistä yhdisteistä, jolloin kahvi on täysin turvallista juoda.
Itse asiassa Arabica -papukahvi voi olla hyväksi ihmisille. Alankomaiden ja Japanin kahvijuomien havaittiin olevan vähemmän alttiita tietyille syöpätyypeille. Kahvin korkeat antioksidanttitasot ovat todennäköisesti vastuussa tästä. Se voi myös auttaa ehkäisemään sydämen rytmihäiriöitä, vähentämään onteloita ja tappamaan bakteereja. Lisätutkimuksia tarvitaan, mutta näyttää ilmeiseltä, että kahvin hyödyt ovat suurempia kuin mahdolliset kustannukset, varsinkin kun diterpeenit poistetaan suodattamalla. Monet näistä havainnoista koskevat sekä Arabica- että Robusta-papuja, niiden ihmisten iloksi, jotka haluavat enemmän kofeiinipakattuja Robusta-lajeja.
Kahvi voi kuitenkin laukaista migreenin, edistää mahahaavoja ja nostaa verenpainetta. Joissakin tapauksissa lääkäri voi suositella, että potilas harkitsee kahvinsaannin vähentämistä tai siirtyy kofeiinittomaan versioon. Yksilön tulee aina noudattaa terveydenhuollon ammattilaisen antamia neuvoja, koska hän on tietoisempi potilaan keholle ominaisista asioista.