Ei ole vakuuttavaa näyttöä siitä, että siprofloksasiinin käyttö raskauden aikana olisi vaarallista, mutta joidenkin eläinkokeiden mukaan lääkitys voi vaikuttaa negatiivisesti sikiöön. Lisäksi, vaikka siprofloksasiinista ja sen vaikutuksista ihmisen raskauteen ei ole tehty erityisiä tutkimuksia, lääkkeen tiedetään päätyvän lapsivesiin, nesteeseen, joka ympäröi sikiötä kohdussa. Koska lääkityksen vaikutukset ovat suurelta osin tuntemattomia raskauden aikana, naisia kehotetaan välttämään siprofloksasiinia yleensä raskauden aikana – ellei lääkäri katso lääkkeen hyötyjä riskejä suuremmaksi.
Koska siprofloksasiinin ottamisen turvallisuutta raskauden aikana ei vielä tiedetä, on selvää, että imettävät tai imettävää suunnittelevat naiset eivät myöskään saa käyttää lääkettä. Todellisuudessa on enemmän todisteita siprofloksasiinin käyttämisestä imetyksen aikana kuin siprofloksasiinin käytöstä raskauden aikana. Todisteet viittaavat siihen, että imetys siprofloksasiinin käytön aikana voi aiheuttaa vakavia sairauksia imettävälle lapselle. Siprofloksasiinia löytyy äidinmaidosta, ja riippuen siitä, kuinka kauan äiti otti lääkkeen, vauva voi ottaa lääkkeen imetyksen aikana. Siprofloksasiinia käytettäessä äidin on otettava huomioon vauvan mahdollisuudet sairastua sairauteen. lääkäri voi suositella kahta vaihtoehtoa äidin yleisestä terveydestä riippuen: imetyksen lopettamista tai siprofloksasiinin käyttöä.
Siprofloksasiini itsessään on antibiootti, eli se on lääke, jota käytetään bakteeri -infektioiden torjumiseen. Tämä antibiootti toimii myös ehkäisemään tai hoitamaan pernaruttoa, vakavaa tartuntatautia, joka voi levitä ihmisiin kosketuksissa tartunnan saaneiden eläinten kanssa tai ihmisten kanssa, jotka käyttävät tautia biologisena aseena. Ciprofloxacin tulee tabletteina ja pitkitetysti vapauttavina tabletteina sekä nestemäisessä muodossa. On tärkeää noudattaa lääkärin määräämää annosta eikä korvata yhtä siprofloksasiinityyppiä toisella. Esimerkiksi siprofloksasiinin tablettimuotoa käyttävän henkilön ei pitäisi korvata reseptiään pidennetyn tabletin muodossa.
Kuten kaikki lääkkeet, siprofloksasiini voi aiheuttaa haittavaikutuksia. Yleisiä haittavaikutuksia ovat vatsakipu, ripuli ja päänsärky sekä pahoinvointi ja oksentelu. Yleensä nämä yleiset haittavaikutukset ovat lieviä, mutta ne voivat muuttua vakaviksi, ja jos näin on, potilaan tulee ottaa yhteyttä lääkäriin. Vakavampia sivuvaikutuksia, jotka vaativat välitöntä lääkärinhoitoa, ovat epänormaali virtsaaminen, verinen tai vetinen ripuli ja kipu, turvotus tai arkuus nivelissä. Muita vakavia haittavaikutuksia ovat kouristuskohtaukset, vaikea ihoreaktio ja epätavallinen käyttäytyminen tai ajatukset.