On olemassa joitakin luonnollisia tapoja päästä eroon huonekärpäsistä, mutta joissakin tapauksissa näiden menetelmien tulosten saavuttaminen voi kestää kauemmin kuin torjunta -aineiden käyttö. Yksi yleinen menetelmä on ripustettavan teipin käyttö. Kärpäset ovat kiinnostuneita kaikesta makeasta, joten ne voivat yleensä jäädä loukkuun syöttämällä nesteitä tai elintarvikkeita makeutusaineilla, kuten hunajalla, hyytelöllä tai siirapilla.
Perhoteippi ei ole houkutteleva ripustaa koko kotiin, mutta se on yleensä melko tehokas tapa päästä eroon huonekärpäsistä. Tyypillisesti lentoteippi on valmistettu pitkistä vahamaisista materiaaleista, jotka on päällystetty voimakkaasti paksulla, makeutetulla liimalla. Nämä nauhat on kiinnitetty kattoon peukaloilla. Kun kotikärpäset joutuvat kosketuksiin perhonen, ne jäävät loukkuun ja kuolevat pian. Yleensä on tarpeen ripustaa vähintään yksi nauha jokaiseen huoneeseen ja vaihtaa nauhat heti, kun ne ovat voimakkaasti saastuneita.
Perhoteippiä voi ostaa useimmista ruoka- ja rautakaupoista torjunta -aineosassa, mutta jotkut ihmiset haluavat tehdä itse. Tämä voidaan tehdä leikkaamalla vahapaperi tai -kangas pitkiksi kapeiksi nauhoiksi. Nauhat tulee sitten upottaa hunajaan tai melassiin. Kun nauhat on päällystetty voimakkaasti, ne on ripustettava kattoon. Useimmissa tapauksissa nämä kotitekoiset nauhat saavat kärpäsiä yhtä hyvin kuin kaupasta ostettu lajike.
Toinen suosittu luonnollinen menetelmä, jolla on tarkoitus päästä eroon huonekärpäsistä, sisältää makeutetun veden tai kolan käytön. Nesteellä täytetyt kupit on asetettava talon ympärille paikkoihin, jotka ovat lentää. Lopulta kärpäset houkuttelevat kuppien sisällä olevaan nesteeseen. Yleensä, kun kärpäset eivät pääse kupista, ne eivät pääse ulos. Tämä menetelmä vaatii usein kärpäsellä täytettyjen kuppien tyhjentämistä ja täyttämistä uudelleen epähygieenisten olosuhteiden kehittymisen estämiseksi.
Venuksen kärpäsloukut ovat huonekasveja, jotka syövät hyönteisiä, ja useiden näiden kasvien pitäminen ikkunoiden ja oviaukkojen lähellä voi auttaa vähentämään perhojen populaatiota. Sen lisäksi, että nämä kasvit ovat tehokas ja luonnollinen tapa päästä eroon huonekärpäsistä, ne tekevät yleensä ihania lisäyksiä useimpiin huoneisiin. Venus -kärpäsloukut ovat melko helppohoitoisia, ja niiden pitäisi olla tehokkaita kärpäsenkarkotteita kaikkina vuodenaikoina. Useimmissa lastentarhoissa ja kasvihuoneissa on Venus -kärpäsloukut, eivätkä kasvit yleensä ole kalliita, jos ne ostetaan taimina. Suuremmat, täysikasvuiset kasvit voivat maksaa hieman enemmän.