Pseudoefedriinin käyttö raskauden aikana ei ehkä ole turvallista, mutta naisten on kuultava lääkäreitään ennen lopullisen päätöksen tekemistä. Tämän lääkkeen ottamista raskauden ensimmäisen kolmanneksen aikana ei ole liitetty lopullisesti haitallisiin synnynnäisiin epämuodostumiin. Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkevirasto (FDA) ei usko, että ihmispotilaille on tehty tarpeeksi vakuuttavia testejä, jotta lääke voitaisiin luokitella turvalliseksi, eikä suosittele raskaana olevien naisten käyttöä.
Yhdysvalloissa pseudoefedriinille on myönnetty raskausluokitus C. raskauden ajan. Huumeet saavat luokan B luokituksen, jotka on testattu raskaana olevilla eläimillä ja joissa ei ole todisteita vahingosta äidille tai vauvalle, mutta joita ei ole testattu ihmisillä raskaana olevilla potilailla. Luokka C annetaan niille lääkkeille, jotka ovat vahingoittaneet äitiä tai sikiötä raskauden aikana eläinkokeissa ja joita ei ole testattu raskaana olevilla ihmispotilailla. Luokat D ja X on varattu niille lääkkeille, joiden tiedetään aiheuttavan sikiön poikkeavuuksia ja jotka voivat vaarantaa äidin terveyden sekä ihmisillä että eläimillä tehtävissä kokeissa.
FDA: n myöntämä luokan C luokitus pseudoefedriinin käytöstä raskauden aikana osoittaa, että lääkkeen hyödyt äidille voivat joissakin tapauksissa olla suurempia kuin mahdolliset sivuvaikutukset. Eläinkokeet, vaikka ne ovat ihmisten testauksen edeltäjä, eivät aina anna samoja tuloksia. Raskaana oleva rotta voi synnyttää epämuodostuneen vauvan, kun hänelle annetaan pseudoefedriiniä, kun taas samaa lääkettä käyttävä raskaana oleva äiti synnyttää täydellisen muodon ja terveen vauvan. Tähän lääkkeeseen liittyvät riskit eläinkokeiden aikana voivat kuitenkin tehdä epätodennäköisiksi laajat tutkimukset ihmispotilailla.
Pseudoefedriinin käytön mahdollisia sivuvaikutuksia raskauden aikana ovat mahalaukku ja ohutsuolen atresia. Gastroschisis on tila, joka johtuu vauvan vatsan seinämän epäonnistumisesta kokonaan kehityksen aikana. Tämä aukko on tyypillisesti napanuoran vieressä, ja osa vauvan suolista voi työntyä aukon läpi. Tämä tila on havaittavissa ultraäänellä, ja se voidaan korjata leikkauksella, joka suoritetaan suhteellisen pian syntymän jälkeen.
Ohutsuolen atresia ilmenee, kun osa ohutsuolesta sulkeutuu tai katkeaa sikiön kehityksen aikana. Tämä tila voidaan havaita myös ultraäänellä tai diagnosoida heti syntymän jälkeen. Vastasyntyneillä, joilla on tämä sairaus, on usein suuri, laajentunut vatsa, mikä osoittaa jätteen kyvyttömyyden kulkea suoliston läpi. Tämäntyyppinen vika korjataan yleensä leikkauksella pian synnytyksen jälkeen.
Nämä sairaudet liittyvät vain ehdollisesti pseudoefedriinin käyttöön raskauden aikana, eivätkä ne ole lopullisesti yhteydessä lääkkeeseen. Muita lääkkeitä ja geneettisiä tekijöitä ei voida vielä jättää huomiotta tapauksissa, joissa nämä viat on havaittu. Sikiö suorittaa suurimman osan lihasten, hermojen ja luuston kehityksestä raskauden ensimmäisen kolmanneksen aikana. Jotkut lääkärit saattavat ajatella, että tämän lääkkeen ottaminen raskauden myöhemmissä vaiheissa, kuten toisella tai kolmannella kolmanneksella, aiheuttaa vähemmän riskiä vauvalle ja tarjoaa merkittävää hyötyä äidille ja voi suositella sen käyttöä potilailleen.