Kuten monilla muilla lääkkeillä, antibiooteilla on osoittautunut hyödyllinen vaikutus, ja ne ovat auttaneet estämään bakteeri -infektioita, joita oli vaikea hoitaa. On kuitenkin lisääntynyt huoli siitä, että antibioottihoitojen liiallinen käyttö on luonut vaarallisia antibioottiresistenttejä bakteerikantoja. Toinen merkittävä kiistan lähde on ollut antibioottilääkkeiden käyttö elintarviketeollisuudessa karjan kasvattamiseksi ja tuotannon lisäämiseksi, mikä on johtanut huoleen haitallisista vaikutuksista eläinten ja ihmisten terveyteen. Kuten kaikilla lääkkeillä, myös antibiooteilla voi olla kielteisiä sivuvaikutuksia, jotka voivat johtua allergisesta reaktiosta, väärinkäytöstä tai hyvien bakteerien tahattomasta tappamisesta huonojen rinnalla. Kun ihmiskunta oppii lisää niiden eduista ja haitoista, yhteiskunta ja lääkintäyhteisö oppivat räätälöimään antibioottihoidon käytön niin, että sillä on terveellisin vaikutus.
Antibioottien löytäminen 20 -luvulla oli yhteiskunnan ja lääkintäyhteisön vedenjakaja, sama kuin rokotusten löytäminen. Rokotukset voittivat tappavat virussairaudet, joita ihmiset olivat melko voimattomia vastustamaan, kuten polio, flunssa ja jännetulehdus, mutta antibiootit tarjosivat tappaa pahat bakteerit, jotka aiheuttivat aiemmin heikentäviä ja mahdollisia tappavia infektioita, kuten tuberkuloosia, aivokalvontulehdusta ja keuhkokuumetta. Bakteeri -infektioiden aiheuttama kuolleisuus laski merkittävästi ja väestö kasvoi terveemmäksi. Kuitenkin, kun lääkärit määräsivät ennätysmäärän antibioottilääkkeitä sairauksien hoitoon, kävi ilmeiseksi, että niiden liiallisella käytöllä voi olla haittoja.
Antibioottien suosion kasvaessa potilaat tulivat pitämään niitä tavallisena osana elämää, ja lääkärit määräsivät niitä ennätysmäärinä. Tämä johti odottamattomaan ongelmaan: tietyt bakteerit alkoivat kehittyä ja kasvattaa immuniteettia antibioottihoidolle. Bakteerien kykyä muuttua hoitovasteena on kutsuttu antibioottiresistenssiksi. Sairaudet, jotka kerran näyttivät lopullisilta antibiooteilta, palasivat uudelleen. Kyse ei ollut siitä, että antibiootit olisivat yhtäkkiä tehottomia, mutta osa niiden tehosta oli menetetty. Tämä ei johtunut vain liiallisesta käytöstä ja liiallisesta lääkemääräyksestä, vaan myös väärinkäytöstä. Yhteiskunta oli jossain määrin nähnyt antibioottilääkkeitä siteenä kaikkeen, jopa virussairauksiin, joita he eivät voineet hoitaa. Tämän seurauksena nykyinen lääketieteellinen yhteiskunta kannustaa antibioottien käyttöön vain silloin, kun se on ehdottoman välttämätöntä, toivossa, että hoidot pysyvät tehokkaina.
Antibioottien käyttö elintarviketeollisuudessa on myös aiheuttanut huolta. Maatalousyhteiskunta alkoi käyttää antibiootteja eläimissä samasta syystä kuin ihmiset käyttävät niitä: bakteerisairauksien hoitoon. Ajan mittaan kävi kuitenkin ilmi, että antibiootit voivat aiheuttaa painonnousua eläimillä. Esimerkiksi lehmillä lisäpaino painoi joillekin karjankasvattajille ja viljelijöille merkittäviä voittoja. Tutkimukset ovat osoittaneet, että antibioottien liiallinen käyttö eläimissä on johtanut superbakteereihin eli antibioottiresistentteihin bakteereihin, joita ihmiset voivat syödä lihaa syöessään. Tällöin henkilön ruokaan liittyvä sairaus ei ehkä ole hoidettavissa antibioottilääkkeillä. Myös eläinten kielteiset terveysvaikutukset ovat huolissaan. Maailman terveysjärjestön (WHO) kaltaiset arvostetut lääketieteelliset äänet ovat kehottaneet yhteiskuntaa harkitsemaan antibioottien riskejä eläimissä ja rajoittamaan niiden käyttöä.