Idahon osavaltion lippu kävi läpi kolme eri versiota, koska kaksi ensimmäistä eivät täyttäneet lain vaatimuksia. Ensimmäinen lippu otettiin käyttöön vuonna 1907, mutta alkuperäiset tiedot eivät olleet lakisääteisten sääntöjen mukaisia. Perussääntöjä tarkistettiin vuonna 1927 selventämään, että koko valtion sinetti oli sisällytettävä lippuun, mutta joitakin suunnittelun osia ei vieläkään ollut standardoitu. Vuonna 1957 hyväksyttiin valtion sinetin parannettu versio, ja sinettiä koskevat kysymykset ratkaistiin. Lippun suunnittelu perustui aikaisempaan armeijan lippuun.
Kuten monet muutkin valtion liput, Idahon osavaltion lippu sai alkunsa sotilaallisesta bannerista. Vuonna 1898 Idaho lähetti kaksi pataljoonaa taistelemaan Espanjan ja Amerikan sodassa. Juuri ennen kuin nämä miehet lähtivät taistelemaan, heille annettiin Idahon naisten lippu. Rykmentti kantoi tätä lippua koko sodan ajan; se on tällä hetkellä esillä Idahon pääkaupungissa.
Tämän ensimmäisen lipun suunnitteli eversti Charles H. Irvin, ja ne loivat Chicagon neulatyöntekijät. Se oli valmistettu armeijan sinisestä silkistä, jonka keskelle oli brodeerattu Idahon osavaltion sinetti värillisillä silkkilangoilla. Lipun kolmelta puolelta löytyy kultareuna.
Vuonna 1907 Idahon lainsäätäjä päätti luoda virallisen valtion lipun ja valitsi mallin, joka oli hyvin samanlainen kuin armeijan lippu. Tämän lipun luominen oli Idahon kenraalin adjutantin tehtävä. Yksi merkittävä muutos lippuun oli, että rykmentin nimen sijasta uusi lippu sisälsi valtion nimen.
Ensimmäisen lipun mitat olivat 5 metriä leveät ja 6 metriä korkeat. Reuna oli 1.67 cm leveä ja valtion sinetin halkaisija oli 4 tuumaa (4 cm), joka sijaitsi lipun keskellä. Ilmauksen ”Idahon osavaltio” kirjaimet olivat 1.32 tuumaa (2.5 cm) korkeita punaisella nauhalla, joka oli 6.35 tuumaa (21 tuumaa) pitkä ja 53.34 tuumaa (2 senttimetriä) korkea. Nauha sijoitettiin 5.08 tuumaa (29 cm) lipun alarajan yläpuolelle.
Kenraali -adjutantin antamat tiedot olivat itse asiassa erilaisia kuin mitä 1907 annetussa laissa oli. Suurin ero oli, että koko valtion sinettiä ei käytetty, vain kuvallisia tietoja ilman sanoja. Vuonna 1927 kenraali -adjutantin tiedot sisällytettiin lakiin, ja ne korvasivat 1907 -säädöksen vaatimukset. Kiista Idahon osavaltion lipusta jatkui vuoteen 1957 saakka, kaikki perustuen valtion sinetin esitykseen. Samana vuonna osavaltion lainsäätäjä hyväksyi uuden version valtion sinetistä, jota käytettiin Idahon osavaltion lipussa tästä eteenpäin.
Idahon valtion lipun sinetissä olevat kuvat edustavat valtion tärkeimpiä teollisuudenaloja: metsätaloutta, maataloutta ja kaivostoimintaa. Sinetin kaivosmies edustaa mineraalivarallisuutta ja kaivostoimintaa. Hedelmät ja vihannekset sekä vehnäleipä edustavat maataloutta. Yksinäinen mänty edustaa puuteollisuutta ja hirvi edustaa metsätalouden villieläimiä.