Tieteellisiä työnkulkuja käytetään parantamaan tapaa tehdä tutkimusta. Yleisimmät tyypit keskittyvät laboratoriotyönkulkuihin, laskennallisiin työnkulkuihin ja data -analyysityönkulkuihin. Monet laitokset kehittävät tieteellisiä työnkulkuja vähentääkseen virheitä, parantaakseen tuloksia ja nopeuttaakseen löytöjä. Työnkulut on usein räätälöity toimimaan tiettyjä tutkimuksia varten, ja ne voivat vaihdella toimialan ja kerättävän ja analysoitavan tiedon mukaan.
Laboratorion tieteelliset työnkulut voivat kattaa useita toimintoja. Monissa laitoksissa on erityisiä työnkulkuja testattavan näytteen valmistamiseksi. Esimerkiksi sairaalan klinikalla voi olla hyvin määritellyt menettelyt potilaanäytteen ottamiseksi, näytteen kirjaamiseksi sisään, seurantaan skannerilla ja viivakoodilla, tallentamiseen ja valmisteluun tutkimusta varten. Tässä tapauksessa tieteellinen työnkulku voisi olla yhdistelmä kirjallisia menettelytapoja ja tietokoneohjelmisto, joka seuraa näytettä keräyksestä tutkimukseen. Tietoja näytteen tilasta saatetaan usein saataville Web -portaalin kautta, jotta niitä on helppo käyttää. Laboratoriotoiminnoissa käytetään myös työnkulkuja taatakseen tarvittavien materiaalien, kuten testin suorittamiseen tarvittavien kemiallisten reagenssien, saatavuuden, varastossa ja käytettävissä, kun koe suoritetaan.
Toinen laboratorion tieteellisen työnkulun muoto liittyy varsinaisen kokeen suorittamiseen. Esimerkiksi tutkija saattaa haluta valokuvata tietyn taivaan alueen tai sekvensoida tietyn solun DNA: n. Kummassakin tapauksessa työnkulku sanelee vaiheet, jotka tutkija seuraa havainnon suorittamiseksi. Esimerkiksi tähtitieteilijöiden olisi saatava tutkittavan alueen koordinaatit, syötettävä nämä tiedot kaukoputken seurantajärjestelmään ja sijoitettava digitaalikamera kuvan ottamiseksi. Laitos voisi käyttää tällaisia työnkulkuja aikatauluttaakseen erikoislaitteita, jotta varmistetaan myös niiden optimaalinen käyttö.
Nykyään paljon tutkimusta tehdään tietokonemallinnuksella ja simuloinnilla. Tämän tyyppisen tutkimuksen tieteelliset työnkulut voivat sisältää toimenpiteitä ohjelman luomiseksi, sen vianmääritykseksi ja näiden laskennallisten töiden lähettämiseksi ja suorittamiseksi. Monissa laboratorioissa tutkija voi lähettää työn verkossa tietokeskukseen. Työt ajoitetaan automaattisesti eri tekijöiden perusteella, mukaan lukien prioriteettitaso, käytettävissä olevat resurssit ja kuinka kauan työ kestää. Useimmissa tapauksissa työn tilatiedot ovat saatavilla verkossa, joten työn lähettäneet voivat tarkistaa sen tilan nopeasti nähdäkseen, onko se ajoitettu suoritettavaksi, suoritettavaksi vai valmis.
Kun kokeilu on tehty, laboratoriotesti on suoritettu tai tietokonesimulaatio suoritettu, usein tarvitaan toisenlaista tieteellistä työnkulkua kerättyjen tietojen analysoimiseksi. Usein ensimmäinen askel tällaisessa tieteellisen analyysin työnkulussa on poimia tiedot tietystä tietokannasta, tiedostosta tai verkkosivustosta. Tiedot on sitten laitettava oikeaan muotoon. Tämä voi olla jotain niin yksinkertaista kuin muuntaa Fahrenheit -lämpötilan lukema Celsiukseksi tai etäisyyden mittaus jaloista kilometreiksi. Tiedot ajetaan sitten analyysirutiinin läpi, ja niitä on ehkä verrattava muihin tietoihin. Lopulliset tulokset esitetään sitten tutkijalle, yleensä raportin, tiedoston tai visuaalisen näytön muodossa.
Kaikissa tämän tyyppisissä tieteellisissä työnkulkuissa on hyötyä siitä, että tutkimuksilla on standardoituja tapoja tehdä työtä. Joissakin tapauksissa automaatiota voidaan soveltaa joihinkin työnkulun vaiheisiin. Automaatio auttaa purkamaan tutkijan työtä ja nopeuttamaan prosessia.