Vaikka MHTML-koodattu tiedosto sisältää osia, jotka ovat puhdasta HTML-koodia, MHTML: n muuntamisessa HTML-muotoon voi esiintyä komplikaatioita. Useat ohjelmat pystyvät lukemaan MHTML – tai MIME (Hypotext Markup Language – HTML) – tiedostoja ja niistä johdettuja muotoja, mutta tiedoston sisällön muuntamiseksi ja kirjoittamiseksi HTML -muotoon tarvitaan erityinen ohjelmatyyppi. Ongelmia saattaa ilmetä, koska verkkosivuston digitaaliset tiedot on koodattu tiedostoon, ja sivuston uudelleenrakentaminen oikeilla linkeillä kaikkiin tietoihin paikallisesti voi olla pelottava tehtävä. Useimmille käyttöjärjestelmille on olemassa ohjelmia, jotka mahdollistavat MHTML -HTML -muunnoksen, vaikka käyttäjä voi vaatia ylimääräistä työtä.
Ensisijainen ongelma tiedostojen muuntamisessa MHTML: stä HTML -muotoon on tiedostoon kirjoitetut binaaritiedot. Tiedot tallennetaan tavalla, joka mahdollistaa MHTML -tiedoston lukemisen ja näyttämisen verkkoselaimen avulla, mutta ei helpota saman tiedoston muuntamista. MHTML tallennetaan eräänlaisena upotettuna koodina, joka käyttää erilaisia muuttujia pitämään digitaalisten tiedostojen sijainnit järjestyksessä. Binääritiedot, kuten verkossa oleva kuva, tallennetaan alkuperäiselle verkkosivustolle linkkien avulla online -sijainteihin. Nämä tiedot poistetaan ja käännetään paikallisiin muuttujiin MHTML -tiedostojen kanssa, mikä vaikeuttaa binaarisen median sovittamista oikeaan sijaintiin ja muotoiluun HTML -asiakirjassa.
Saatavilla on vain muutamia ohjelmia, jotka voivat muuntaa MHTML: n HTML -muotoon. On laajennuksia ja muita lisäosia, joiden avulla ohjelma voi ladata, muokata ja tallentaa tiedoston uudelleen MHTML: ksi, mutta vain muutama erillinen ohjelma yrittää muuntaa sen HTML-muotoon. Usein nämä ohjelmat vaativat käyttäjää katsomaan koodia selvittääkseen, missä binääritiedostot tulisi sijoittaa koodiin, jolloin he voivat rekonstruoida sivun arkistosta.
Kaikkia verkkosivuja ei voi tallentaa tarkasti MHTML -tiedostona. Erilaiset monimutkaiset muodot, jotka voidaan upottaa mediaksi verkkosivustolle, eivät tallennu kunnolla, jos ollenkaan. Tämä sisältää Java® -sovelmia, suoratoistovälineitä ja monia skriptejä, jotka tukeutuvat muihin palvelimen tiedostoihin, joihin selaintietokoneella ei ole pääsyä.
Tehokkain tapa muuntaa MHTML HTML-muotoon on löytää erillisiä ohjelmia ja laajennuksia, jotka muuttavat tiedostot vähitellen muodosta toiseen ja lopulta mahdollisesti HTML-muotoon. Tietyt käyttöjärjestelmät eivät edes tue MHTML -tiedostoja omissa selaimissaan. Jos kaikki muu epäonnistuu, on mahdollista purkaa tiedoston binaariset MIME -tiedot manuaalisesti käsin 64 -kantaisella dekooderilla, purkaa vain HTML -koodi ja yrittää rekonstruoida manuaalisesti arkistossa pidetty verkkosivusto, mutta tämä prosessi olisi erittäin työvoimavaltainen.