Joen elinympäristö viittaa ympäristöön, jossa elävät organismit voivat selviytyä joessa ja sen ympäristössä. Tämä voi viitata villieläimiin tai kasveihin. Useimmat ihmiset ajattelevat kaloja, kun he ajattelevat joen elinympäristöä, mikä on totta; kaloja elää usein tällaisissa luontotyypeissä. Muut villieläimet, kuten mikroskooppiset olennot, jotka elävät vedessä, kivissä tai maaperässä, kutsuvat kuitenkin myös jokia kotiin. Lisäksi joen pohjalla ja joen reunoilla asuu monia erilaisia kasveja, jotka voivat toimia pienempinä elinympäristöinä.
Luontotyyppejä ja ekosysteemejä tarkasteltaessa on tärkeää muistaa, että kaikki on yhteydessä toisiinsa. Joen elinympäristöä voidaan pitää yhtenä suurena elinympäristönä tai sarjana pienempiä luontotyyppejä, joista kukin luottaa siihen, että toinen toimii oikein. Tämän seurauksena monet asiat voivat vaikuttaa joen elinympäristöön; muutokset joen rannalla tai joen reunoilla olevat kasvit voivat edistää eroosiota. Sadevesien valumasta aiheutuva saastuminen voi myös vaikuttaa kielteisesti elinympäristöön sekä ihmisiin, jotka roskaavat ja heittävät roskansa maahan eikä roskakoriin. Joen suolapitoisuus ja lämpötilan muutokset voivat myös vaikuttaa jokien elinympäristöihin.
Jotta jokiympäristö menestyisi, tarvitaan yleensä laaja kasvi- ja villieläinlajien yhdistelmä. Tämä johtuu siitä, että on välttämätöntä, että ravintoketjut, jotka tunnetaan myös nimellä troofiset tasot, ovat olemassa ekosysteemeissä. Joen elinympäristössä esiintyvät kasvi- ja villieläinlajit vaihtelevat suuresti sen maailman alueen mukaan, josta joki löytyy. Kalat, plankton ja hyönteiset ovat yleisimpiä; nisäkkäät, kuten majavat, voivat myös rakentaa elinympäristöjä joen varrelle. Muut villieläimet, kuten hirvieläimet, voivat myös käyttää jokea puhtaan juomaveden lähteenä.
Villieläimet voivat lähteä jokiympäristöstään etsimään ruokaa tai muihin tarkoituksiin. Joen elinympäristö edustaa yleensä paikkaa, jossa he palaavat nukkumaan turvallisesti, varastoimaan kerättyä ruokaa tai pysymään naamioituna mahdollisilta saalistajilta. Näistä syistä on tärkeää olla varovainen kalastettaessa tai leikkiessä joessa ja sen ympäristössä sekä olla tietoinen kaikista mahdollisista elinympäristöistä, jotka ovat ympärillä. Ylimääräinen huolehtiminen varmistaa, että luontotyypit eivät vahingoitu ja että ne ovat edelleen turvallinen paikka villieläimille.