Missourin osavaltion lipun suunnitteli Marie Elizabeth Oliver, joka oli senaattori Robert Burett Oliverin vaimo. Useimmissa tapauksissa idea suunnitella Missourin osavaltion lippu johtuu komiteasta, jonka Amerikan vallankumouksen tyttäret loivat vuonna 1908. Lähes 92 vuotta Missouri oli ollut liittovaltio ilman valtion lippua. Valtion lipun valmis Oliver -malli oli olemassa jo vuonna 1909, mutta siitä tuli virallinen valtion lippu vasta 22. maaliskuuta 1913.
Oliverin lippu oli tuolloin suosikki, mutta senaarissa oli vakavasti harkittu vaihtoehtoinen Missourin osavaltion lippu. Tämän lipun on suunnitellut tohtori GH Holcomb. On epäselvää, oliko lippuidea erittäin suosittu missourilaisten keskuudessa, mutta on dokumentoitu, että Missourin virallisen valtion lipun nimeäneen lakiesityksen hyväksyminen kesti useita yrityksiä. Vuonna 1913 kuvernööri Elliot Major allekirjoitti lopulta lain, ja lippu tuli viralliseksi.
Jotta voitaisiin ymmärtää, miksi Oliverin ehdotus Missourin osavaltion lipusta onnistui, on tärkeää harkita valtion lipun haluttuja ominaisuuksia. Suurin osa tähän hankkeeseen osallistuneista koki, että Holcombin ehdottama vaihtoehtoinen malli ei edustanut riittävästi valtion itsenäisyyttä, koska lippu muistutti kansakuntaa. Oliverin lippu oli symbolisesti rikas, sisältäen useita voimakkaita kuvia ilman liian monimutkaista toistamista. Nämä kuvat, mukaan lukien tähdet, kypärä ja karhut, valittiin erityisesti edustamaan ideoita ja tosiasioita Missourista, joita pidettiin tuolloin erittäin tärkeinä. Vaikka Missourin luonne on muuttunut vuosien varrella, lippu itsessään on historiallinen ennätys siitä, miten ihmiset näkivät Missourin vuonna 1913.
Missourin osavaltion lipun historia ei pääty vuoteen 1913, vaan jatkuu nykypäivään asti. Oliver -perhe säilytti monta vuotta senaattorin vaimon ompeleman alkuperäisen lipun, mutta vuonna 1961 lippu lahjoitettiin valtiolle. Se oli esillä monta vuotta, kunnes iän aiheuttamat vauriot vaativat säilytystä omaan säilyttämiseen.
Vuonna 1988 lipun luomisen 75 -vuotisjuhla herätti uutta kiinnostusta alkuperäistä esinettä kohtaan. Tapahtuman muistoksi Missourin ala -asteen opiskelijat keräsivät rahaa lipun palauttamiseksi ja palauttamiseksi esille. Nykyaikaisilla arkistointimenetelmillä ja omistautumisella Missourin historian säilyttämiseen lippu pysyy todennäköisesti esillä James C. Kirkpatrickin osavaltion tiedotuskeskuksessa Jefferson Cityssä Missourissa monien vuosien ajan.