Paperipyyhkeiden historia on yksi serendipity, joka johtuu rautatievaunun koosta. Scott Paper Company Philadelphiassa, Pennsylvaniassa, oli jo vuonna 1907 johtava wc -paperin valmistaja. Samana vuonna Scott Paperin presidentti Arthur Scott sai raivostuttavia uutisia rautatielaiturilta.
Koko rautatievaunu oli täynnä paperia, joka oli yksinkertaisesti liian paksu käytettäväksi wc -paperina tai muuhun tarkoitukseen. Scott pohti tämän käyttökelvottoman paperin kohtaloa ja muisteli sitten paikallisen sanomalehden artikkelin vuodelta 1879 Philadelphian opettajasta, joka antoi oppilailleen pehmeän paperin osia koulun kylpyhuoneessa yhteiskäytössä olevan yksittäisen kangaspyyhkeen korvikkeena. Hän toivoi, että yksittäiset opiskelijat käyttävät paperia kerran ja hävittävät sen asianmukaisesti.
Scott päätti, että rautateiden käyttämätön paperi voidaan leikata yksittäisiksi osiksi ja myydä vaihtoehtona kotitalouksissa yleisesti käytettäville kangaspyyhkeille. Scott Paper Company myi nämä paperipyyhkeet tuotenimellä Sani-Pyyhkeet® korostaakseen niiden hygieenisiä etuja ituja täyttäviin kangaspyyhkeisiin nähden. Alkuperäiset paperipyyhkeet eivät kuitenkaan saavuttaneet kuluttajien välitöntä menestystä. Itse asiassa tutut rei’itetyt paperipyyherullat tuodaan ruokakauppojen hyllyille vasta vuonna 1931.
Useimmat nykyään markkinoitavat paperipyyhkeet sisältävät vähintään kaksi kerrosta paperia yhteen puristettuna, mutta paremmin imukykyisissä merkeissä voi olla kolme tai useampia kerroksia. Ensimmäiset paperipyyhkeet oli usein valkaistu valkoiseksi niiden puhtaan ja hygieenisen luonteen korostamiseksi, mutta lopulta valmistajat alkoivat tulostaa paperille erottuvia kuvioita parantaakseen niiden esteettistä vetovoimaa. Muita parannuksia ovat lisäämällä pinta -alaa kohokuvioiduilla kuvioilla ja vaihtamalla rei’itysten välistä pituutta, jotta käyttäjät voivat valita tiettyyn tehtävään tarvittavan paperipyyhkeen määrän.