Pyhää istuinta voidaan pitää roomalaiskatolisen kirkon hallituksena. Termi on kuitenkin hieman monimutkainen, ja sitä voidaan käyttää viittaamaan useisiin erilaisiin kokonaisuuksiin. Ot sisältää Vatikaanin alueen; Paavin kirjaimellinen istuin tai katedraali Lateranin Pyhän Johanneksen basilikassa Roomassa; itse paavi, joka hallitsee Vatikaanin alueen; ja muut hallituksen elimet, jotka tunnetaan yhdessä nimellä Rooman Curia.
Aiempina vuosisatoina Pyhä istuin hallitsi Italiassa paljon laajempaa aluetta, joka tunnettiin paavivaltioina. 19-luvun puolivälissä italialaiset nationalistit alkoivat tunkeutua paavin valtioihin, ja alue lopulta hävitettiin kokonaan vuonna 1870. Vatikaani perustettiin vuonna 1929 Lateraanisopimuksella, joka oli Pyhän istuimen ja Italian hallituksen välinen sopimus. Vatikaanikaupunki, joka on nimetty Rooman Curian, joskus myös Vatikaaniksi, mukaan luotiin konkreettiseksi symboliksi kirkon itsenäisyydestä poliittisena ja diplomaattisena kokonaisuutena.
Tämä hallitus on monimutkainen, ja siinä on kolme tuomioistuinta, yhdeksän seurakuntaa, 11 paavillista neuvostoa ja monia eri tehtäviä hoitavia toimistoja. Toiseksi paavin kannalta tärkeänä on valtiosihteeri, jonka virassa oleva kardinaali valtiosihteeri – virallisesti kutsuttu Hänen pyhyytensä paavi valtiosihteeri – on samanlainen kuin pääministeri monissa maallisissa hallituksessa. Vuodesta 2006 vuoden 2013 alkuun tämän viran haltija oli Tarcisio Cardinal Bertone, mutta hän jätti tehtävänsä paavi Benedictus XVI:n erottua. Maailmanlaajuisten kirkon asioiden ja opinhoidon lisäksi Pyhällä istuimella on toimistoja, jotka käsittelevät oikeus- ja taloustehtäviä.
Pyhällä istuimella on rikas diplomaattisuhteiden historia 4. vuosisadalta. Nykyään sillä on 175 diplomaattista suhdetta ympäri maailmaa, jotka kattavat kaikki maanosat, sekä 179 pysyvää diplomaattista edustustoa. Perustamisestaan 15-luvulla lähtien valtiosihteeri on valvonut näitä suhteita. Hallitus on myös aktiivinen jäsen monissa kansainvälisissä järjestöissä ja tarkkailija monissa muissa, mukaan lukien Yhdistyneissä Kansakunnissa.