Lapsen koulutusta koskevat päätökset ovat aina vakavia, ja vanhempien tulee aina punnita vaihtoehtojaan ennen kuin he sitoutuvat lapsiin tietyn tyyppiseen kouluun. Ei ole pakottavia argumentteja esimerkiksi lapsen kirjaamista magneettiopetusohjelmaan vastaan, mutta magneettikouluohjelmissa on joitain asioita, jotka ansaitsevat huolellisen harkinnan. Jotkut lapset menestyvät nopeutetuissa kouluohjelmissa, mutta toiset saattavat pitää tahtia liian haastavana.
Yksi pohdittava asia on magneettikouluohjelman historiallinen ja poliittinen alkuperä. Monet koulujärjestelmät loukkasivat mahdollisesti liittovaltion koulujen erotteluvaltuuksia 1960- ja 1970 -luvuilla, joten koulujen ylläpitäjät kokeilivat useita kiistanalaisia menetelmiä oppilaiden erottamiseksi. Tähän sisältyi vähemmistöopiskelijoiden pakotettu kuljettaminen pääasiassa valkoisiin kouluihin, jotka sijaitsevat usein kaukana omasta lähiöstä. Pian kävi selväksi, että opiskelijoiden tahaton siirtäminen ei ollut suosittu ratkaisu.
Magneettikouluohjelma suunniteltiin alun perin houkuttelemaan parhaita ja kirkkaimpia opiskelijoita kaikista alueen perinteisistä julkisista kouluista. Pohjimmiltaan ensimmäiset magneettikoulut oli suunnattu erityisesti lahjakkaiden oppilaiden tarpeisiin, jotka muuten pysyisivät akateemisesti haastamattomina tavallisissa julkisissa kouluissa. Magneetikoulut saivat lisärahoitusta, palkkasivat tai siirsivät piirin parhaat opettajat ja tarjosivat syventäviä tai vaihtoehtoisia kursseja.
Se, että nämä magneettiopetusohjelmat täyttivät myös liittovaltion hajauttamisasetukset, ei myöskään haitannut. Koska opiskelijat valittiin ensisijaisesti akateemisten eikä rodullisten kriteerien perusteella, magneetikoulut näyttivät olevan ihanteellinen ratkaisu lahjakkaille opiskelijoille ja ylläpitäjille. Välivuosina painopiste on kuitenkin suurelta osin siirtynyt yksinomaan lahjakkaista tai nopeutetuista ohjelmista kosmopoliittisempaan yhdistelmään ammatillista koulutusta, luovia taiteita ja matematiikan opetussuunnitelmia.
Vanhempi saattaa haluta pohtia, hyötyisikö lapsi todella magneettikouluohjelman nopeutetusta kehityksestä ja kehittyneistä koulutustekniikoista. Jos lapsi on älykkyydeltään keskimääräistä korkeampi, mutta hän ei toimi koulussa, hän voi tarvita enemmän akateemista haastetta. Jos hän vaikuttaa kuitenkin tyytyväiseltä perinteisessä julkisessa koulussa, voi olla helpompaa antaa hänen jäädä vertaistensa luokse kuin siirtyä magneetikouluun.
Magneettikouluohjelmiin ilmoittautuneilla opiskelijoilla on paremmat mahdollisuudet valmistua, ja heidät etsitään usein korkeakouluapurahoista. Yleensä magneettikouluissa raportoidaan vähemmän kurinpidollisia ongelmia, ja opetuksen ja rahoituksen taso on yleensä parempi kuin perinteisissä julkisissa kouluissa. Tämä ei kuitenkaan aina päde kaikkiin maan yksittäisiin magneettikouluohjelmiin, ja vanhemmat saattavat haluta harkita yksityisiä tai seurakuntakouluja sekä julkisia magneettikouluja, jos he tuntevat voimakkaasti perinteisten julkisten koulujen haitat.
Magneettiopisto -ohjelmaan liittyy myös joitain logistisia ja taloudellisia näkökohtia. Taloudellisten rajoitteiden alaiset koulujärjestelmät eivät välttämättä tarjoa säännöllistä linja -autoliikennettä magneettikouluille oppilaan oman alueen ulkopuolella. Vanhempien on ehkä siirrettävä lapsensa vaihtoehtoiseen tai magneettiopistoon ja sieltä pois sekä lisämatkoja oppituntien ulkopuoliseen toimintaan. Vaikka julkinen magneettikoulu voi olla edullisempi kuin vastaava yksityinen tai seurakuntalainen koulu, perheellä voi silti olla piilokuluja ennen lapsen ilmoittautumista.